本能寺是日莲宗（法华宗）本门流（八品派）的寺院，位于京都府京都市中京区。
日莲宗最初是在关东地区传播，逐渐流布甲斐、北陆诸国。日莲宗进入京都，是在日莲上人的再传弟子日像上人的时候。他在永仁五年（1297），也就是日莲上人寂灭后十五年，四月二十八日，首次开始在京都东门传教，虽然为睿山僧徒所迫害和阻挠，但仍然不屈不挠反复数十余年（“日像的三黜三赦”），终于在元亨元年（1321）开创了日莲宗在京都的第一家寺院妙显寺。此后，经过南北朝时代，由于足利幕府皈依法华宗，因此法华宗在京都大为昌盛，先后建立起有“具足山”之称的妙显、妙觉、立本三寺，以及妙满寺、本能寺等。
本能寺的创建者日隆是日霁的弟子，亦即日莲上人的六代弟子。该寺最初由日隆在应永二十二年（1415）创建，本名本应寺，位于京都油小路高辻和五条坊门之间，也就是现在佛光寺所在地。日隆与同门师兄弟月明对立，月明的支持者就捣毁了他所建立的本应寺。他被迫逃亡河内国，永享元年（1429），他回到京都，在施主赞助下，于千本极乐附近的内野重建本应寺，4年后获得如意王丸所寄进的六角大宫之西、四条坊门一带的土地，于是在这里张大山门，改名为本能寺。本能寺于是拥有大约四町（四万平方米）的庞大面积和众多子院，成为日莲宗在京都的大寺之一，是后来享禄、天文时代所谓京都“二十一本山”之一。天文年间，伴随着细川氏的内纷，日莲宗与净土真宗（一向宗）在近畿严重对立，最终导致天文五年（1536）的天文法华之乱，一直对日莲宗在京都的昌盛不满的睿山僧徒三千余人突袭了二十一本山，日莲寺院全军覆没，本能寺也未能幸免。寺院被焚毁后，本能寺僧侣逃往显本寺避难，直到十年以后的天文十六年到十七年间才陆续回到京都，并奉伏见宮五代那高亲王之子入寺住持，即日承上人，再次取得了四条西洞院、油小路、小角、錦小路一带的广大土地，重修庙宇再造金身，迅速恢复为拥有三十多家子院的名刹，并在畿内、北陆、濑户内诸国乃至种子岛都广泛分布末寺，终于以本能寺为中心形成了日莲宗的一个独立分支：本门流。就在其鼎盛时期，天正十年六月二日，在本能寺上演了著名的“本能寺事变”，本能寺成为霸王信长的葬身之地，寺院也再次烧为一片废墟。
五年以后，当权者丰臣秀吉在现在的中京区寺町御池下恢复修建本能寺，天正二十年，也就是本能寺事变的整整十年后，在更大的面积上基本重建完毕。到了江户时代，该寺拥有幕府认可的四十石领地，末寺达到92间，势力更胜于前。但是，本能寺仍然没有能避免天灾人祸，天明大火、禁门之变，本能寺又两次蒙受烈焰之灾。
本能寺事变时候的本能寺原址，后来成为一所小学，上个世纪九十年代才被撤销，目前成为考古场所。
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