标题：西南战争史略
说明：本文曾以《最后的武士——西南战争》为题，发表于阎京生先生主编的《战争史研究》第7辑。为保护刊物的商业利益和知识产权，未在网络上全文公开发表。本文禁止转载，请诸位自重。
明治十年（1877）二月至九月的西南战争，又称“西南之役”，是日本近代史上非常重要的事件，也是目前为止日本最后的国内战乱。在这场各种势力、派阀的大博弈中，明治维新十年间的矛盾进行了总爆发，而最终以明治政府的胜利而告终。这个胜利使明治政府排除了政权存续上的危机，为日后出现日本历史上空前的集权专制奠定了政治、军事上的基础，可以说它深深影响了日本政治的后来走向。
尤其值得注意的是，在西南战争中，反政府一方的领导者们曾经是维新的参与者、明治政府的缔造者，构成反政府一方基础的也是作为维新主力的西南雄藩的中下级武士们。这样一场由他们挑起、构成的内战，与其说是对维新的逆动，毋宁说是在他们看来，维新已经脱离了他们设想的轨道，因而要对背叛了当初建国理想的明治政府反戈一击。但是即便在反政府一方中，对于维新的构想、对维新后日本发展道路的选择、实现发展的手段、对于现行政治的批判，也是有着不同的观点和视角的，这就赋予了西南战争以十分复杂的性质。因此日本历史学家信夫清三郎在《日本政治史》中总结到：“西南战争虽然起因于鹿儿岛士族和政府的对立，但决不是单纯的士族叛乱。在西乡看来，西南战争是以‘事天之心’‘纠弹政府首谋者罪根’的‘正义’之战。萨军方面，参加者不仅仅是士族，还有许多民权派，其中包括豪农豪商，这给西南赋予了民权战争的性质。戊辰战争中曾与幕府军并肩作战而失败的东北诸藩旧藩士抱着各种各样的目的，或参加政府行列，或与旧萨摩藩结成党羽，这又使西南战争带有复仇战争、复权战争、统一战争的性质。西南战争是一场混合多种动机和目的的大规模内乱，结果是政府军获胜。”
正因为西南战争的性质十分复杂，就反证了西南战争具有复杂的背景。因此在这里，我们有必要阐述一下西南战争的大背景，所以首先要叙述一下自明治维新前十年的政治概况，尤其要论述明治政府最初面临着哪些问题，它的对策导致了哪些新的矛盾，是如何导致和激化这些矛盾的，在各类矛盾中对政府不满的各种力量又是如何聚集、合流的。
一、向西南战争之道
维新政府的困境及其对策
庆应四年即明治元年（1868）的戊辰战争及明治二年的箱馆战争，肃清了作为维新对立面的德川幕府的军事力量，宣告其彻底退出历史舞台，为实施以“王政复古”为具体形式的“御一新”保证了最基本的政治基础。
在此说明一下本文的纪年问题，由于是日本史相关，而且参考的全部是日方文献，所以采用日本年号+（公元纪年）的方式。需要说明的是，明治六年之前，日本采用旧历，因此在括号内注明了对应的公历月日，而明治六年开始，日本使用公历，因此就无需注明了。
尽管成立了以天皇为最高权力中心（就当时而言，还只是名义上的）的政府，但是日本尚未完成中央集权体制，从旧时代延续下来的二百七十四个藩仍然保持着独立的军队、财政和领国内的统治权。维新政府不过是宫廷与各藩联盟的“朝藩体制”的政府而已，其对日本全国的实际控制力仍然十分薄弱。对于维新政府来说，作为地方实力派的各藩“以小权侵犯朝廷大权、紊乱政体”，是潜在的严重威胁，如果不妥善解决，“则朝廷之大难，皇国之危急，必忽焉而至”。就当时而言，维新政府的潜在危机集中表现在以下几个方面：
一、维新政府本身并无直辖武装，其所依靠的是以萨摩岛津藩、长州毛利藩为首的各藩藩兵。也就是说，维持新政府存在的基础是朝廷与诸藩尤其是萨长等西南雄藩的联合，而萨长的武力又是基础中的基础。然而这种政治联盟并不能保证长久维持，一旦出现萨长撤出武力支持的情况，则新政府将无兵力可以依靠，这势必导致政府的垮台。伊藤博文在明治元年底上书警告：“兵力皆出于诸侯，朝廷无一名亲兵，何以威镇诸侯，何以对付海外各国？”他要求“必须把北伐之兵改为朝廷之常备军”，使政府拥有直属军队。
二、财政来源捉襟见肘，政府的财政支付能力十分有限。当时，维新政府能够直接统治、课以赋税的地域，仅为江户时代以来的皇室领地三万石和新近剥夺而来的德川幕府直辖地和少量亲幕方的藩国领地，共计约800万石，与当时日本全国的总石高3000多万相比，仅占不到30％，而且多数位于关东和贫瘠的东北地区。除此之外的财源还有关税，但也不足以填补所需。无奈之下，政府只能向大商人寻求捐款和临时税，甚至进而降低金银币的成色，滥发纸币，从国民身上剥削获利。这些措施虽可敛财于一时，却无异于杀鸡取卵，是不能长久为之的。总的来说，从财政层面而言，维新政府的危机在于：仅能征收、调配全国资源的百分之三四十，但却要担负作为中央政府的全部支出。而且日本当时仍在欧美列强的强权干涉和不平等条约的压迫之下，维新政府同时还继承了幕府的对外债务和各项赔偿，这无疑进一步加重了财政负担。
三、诸藩大多因循守旧，并未出现维新之后应有的新气象，整体的政治气氛仍然停留在旧幕府时期，只不过效忠的对象由德川幕府换为天皇政府而已。而且由于维新战争的胜利，地方势力有以功臣自居、目空一切的倾向，这对新生的明治政府构成了严重的威胁。木户孝允概括时局为“不知何为大政一新，唯以打倒德川为一大快事”，各藩在新政权中争权夺利，“仅在口头上高喊大政一新，实则唯知扩大自己势力，提高自己地位”，“得一寸之功，增一尺之傲，诸侯大抵如此，天下但以求荣为务，殊不知全国之危急”，“即便是勤王诸藩，真正体察皇国前途并能为之分忧者实在不多”。他警告：“若大政一新未见其实，皇国不能维持，大政一新与幕政相比，亦五十步与百步耳。”
以木户孝允为首的政府开明派认识到：要在内消除割据分裂的隐患，对外摆脱列强压迫的危机，就必须构建与幕府时代不同、能“与万国相对峙”的新日本。对于这个新日本的政治架构，伊藤博文明确指出：“欲与五洲各国并立，就不能以世禄之制建立国政，此乃人人皆知者。”也就是说，必须建立绝对主义的中央集权体制，“一切政令法度皆出自朝廷”。其关键在于废除各藩，清除构成“小权”的基本。在具体实施上，采取了先改革藩政，再“奉还版籍”（即各藩将土地和人民献给朝廷，不再为自己所私有），最终废除各藩的渐进政策。
（木户孝允的肖像）
明治元年十月二十八日（1868.12.11），朝廷下达了“藩治职制”，改革的重点有三：统一各藩官制，强化朝廷对藩的监督控制；“不受门阀和旧习限制，提拔人才”，削弱旧的门阀势力，有限度地打破封建等级；藩政与藩主的家政分离，“另设家知事，使之勿与藩政制职务相混，专理家政”。
在确立“藩治职制”后，木户孝允又与大久保利通一起推进“奉还版籍”。木户来自长州藩，而大久保来自萨摩藩，都是在政府中具有大权者，他们两人的合谋也就代表了作为维新主力的萨摩、长州意见一致。之后，两人又去说服土佐藩和肥前藩，这两藩是当时地位实力仅次于萨长的雄藩。在他们的运作下，明治二年一月二十三日（1869.3.2），萨长土肥四藩藩主向朝廷提交“奉还版籍”的建议书，“今谨收版籍而奉之于上，愿朝廷善为处理，当予者予之，当夺者夺之，凡列藩之封地更宜下诏命而重定之”。出于“皇统一系，万世无穷，普天之下，莫非其土，率土之滨，莫非其臣”这样的“王土王民”思想，所以“自制度、典刑、军旅之政以至戎服、器械之制，悉应出自朝廷；天下之事无论大小，应皆归一于朝廷，如是名实相符，始可与海外各国并立”。
这个建议书并未立即得到政府的采用，而是指示提交公议，宣布将在天皇前往东京后召开会议决定。而所谓的“提交公议”，只是幌子而已。政府内部以木户、大久保为首，已经下定了决心，“周密准备，决心确立基础，誓达目的，不因一二舆论而发生动摇”，准备以萨长土肥的实力压服所谓“公论”，不达目的，誓不罢休，并且做好了在形势不利时动用武力的准备。四月十二日（5.23），以朝廷的名义命令萨长土肥四藩各派出一个大队，前往东京。之后又命令萨长各增派一个大队。长州藩派出了健武队和一个大队，而萨摩藩则派出了精兵六百（相当于一个大队的兵力）另三个小队，土肥两藩的具体情况不明，但肯定也派出了部队。由于以上部队很多本是驻防京都的，所以又命令津藩和冈山藩派兵警备京都。不过由于财政困难，健武队和萨摩的三个小队被命令返回本藩。在会议之前，就决定奉还版籍为不可质疑的既定方针，并以岩仓的意见——“目前仍使其守护原有领地，寓郡县之意于封建形式中”——为奉还版籍的基本原则，将原藩主任命为藩知事，明确“土地、人民非其之私有”。五月二十一日（6.30）在东京召开上局会议，召集了各藩藩主，其中讨论议程的第二项即是在奉还版籍之后，“拟改任藩知事”，要求各人“陈述所见，直言不讳”。虽然这个“直言不讳”不过是形式而已，但就此问题仍然爆发了激烈争论，《明治天皇纪》中记载：“当此之时，参与东久世通禧、参与大久保一藏（利通）、参与木户准一郎（孝允），意见不一，或主缓，或主急，庙议未决。一藏、准一郎频频劝说（岩仓）具视，促其奋起，痛切要求以一大英断处理此事。于是，具视决意促实美、通禧果断行之……”
大久保在六月四日（7.12）给同藩的桂右卫门的信中透露，公议中有更为激进的意见，要求一举实现“废藩置县”：“藩政先暂交该藩。关于此事，众议纷纭，乘机而出。然如断然实行郡县，徒改其名，毫无寸益。此类空论频频发生。”不过，当时政府仍觉得不可过于操切，因而对这类意见置之不理，“已大致内定休会”。
六月十三日（7.21），萨长土肥四藩在东京的炮兵，进行了炮击训练，显示了朝廷军事力量的存在。六月十七日（7.25），朝廷“接受”奉还版籍的建议，并对尚未上表奉还的三十多个藩（在萨长土肥四藩上交建议书之后，又陆续有不少藩提交了类似的建议书）下达了奉还版籍的命令。六月二十五日（8.2）任命各藩主为该藩知事，土地、人民收归朝廷所有。信夫清三郎这样总结奉还版籍的意义：“藩这个名称虽仍存在，但藩主变成了朝廷任命的藩知事，作为分国制度的藩已不复存在了。朝廷对藩的关系已经过渡为中央政府对待地方政府的关系；把天皇作为名义上的‘主上’，由宫廷势力与‘列藩同盟’所形成的王政复古的朝藩体制国家，已经向以天皇为主权者的中央集权国家转化。”
随着奉还版籍，还附带进行了其他一些变革。在身份制度上，公卿、藩主被归为“华族”，藩主以下至一般武士为“士族”，足轻以下为“卒族”。在武士的俸禄也进行了改革，以总体来说，士族家禄的总额是大大下降了。藩知事的家禄确定为该藩实收石高的10％，藩主以下的武士家禄，虽然具体措施各藩都有不同，但普遍采取了高禄者多扣，低禄者少扣或者不扣的平均化措施，萨摩藩甚至提高了下级武士的俸禄。除了藩财政收入的10％作为知事的家禄之外，9％作为军费，其中陆军军费和海军军费各占一半，陆军军费用来建设藩的陆军，而海军军费则上交政府，剩下的81％则用来支付藩的经费和士族的俸禄。
奉还版籍给维新政府带来了中央集权的重大果实，而维新政府的领导者们并没有沉醉在已得成果中，而是认识到奉还版籍的不彻底和局限，并且充分利用了奉还版籍带来的成果，反过来进一步推进奉还版籍之后的中央集权化进程。
维新政府首先着力于建设废藩的武力后盾——御亲兵。在东京的上局会议结束之后，紧接着从六月二十一日（7.29）开始，召开兵制会议，身为兵部大辅的大村益次郎主张招募农兵为亲兵，建立近代的国家常备军。经过数天的激烈争论，大村的方案搁浅，获得通过的是大久保等的方案——由萨长土（后来又增加了肥前藩）向朝廷贡献兵力，作为御亲兵。九月四日（10.8），大村在京都三条木屋町的一间旅馆内遭人暗杀，十一月五日不治身亡。大村之死，宣告了国民征兵制暂时被搁置，政府所能依靠的暂时还是士族组成的军队。为了完成御亲兵的建立，政府不断敦促长州藩知事之父毛利敬亲、萨摩藩知事之父岛津久光和主持萨摩藩政的西乡隆盛三人前往东京，目的在于使三人做出参与、支持政府的姿态，依靠他们的声望来压制反对意见。大久保、木户、山县有朋等人反复游说，最终说服了西乡前来东京组织御亲兵。不过对于一直和新政府保持距离的西乡，政府方面仍是不大放心。山县向西乡强调：“既称御亲兵，则不能如以往听任藩主来左右进退。一旦成为亲兵，即不再是藩主之家臣。万一萨摩藩主阁下或长州藩主阁下和土佐藩主有谋反之类情节，亦必须秉大义，不辞挽弓而对之。”西乡很爽快地答应。明治四年二月二十一日（1871.4.10）朝廷宣布正式由三藩献兵，组建了御亲兵。其中萨摩步兵四个大队、炮兵四队，长州步兵三个大队，土佐步兵二个大队、骑兵两小队、炮兵一队，实际总人数6275人。四月二十三日（6.10），又宣布“在诸道逐步设置镇台以总管兵务”，开始将军权也统一收归中央。首先设置的是东山道（本部设在石卷）和西海道（本部设在小仓）两个镇台，镇台兵也由各藩选送。——不过在废藩置县的过程中，镇台兵尚在编组中，没有形成战斗力。
拥有了武力后盾，政府认为万事俱备，决定断然实行废藩置县。大久保、木户、山县等首先去说服西乡，西乡表示赞同。木户在七月七日（8.22）的日记中，喜不自禁：“西乡断然同意。闻此问答，大为国家庆，且前途之进步于此又进一层，殊堪快慰。”九日，西乡隆盛、其弟西乡从道、大久保、木户、井上馨、大山岩、山县等萨长要人在木户家中密议废藩和改革政府之事。其中真正参加密议的只是西乡隆盛、大久保、木户和井上馨。——井上当时担任民部少辅，从财政上的考虑出发，要求废藩置县，将租税权收归中央。——山县等在厨房准备酒席，井上不时出来，告诉他们讨论情况。当天的会议持续到夜十二时，确定了未来政府的组织和废藩大计，决心若有藩拒不服从，即派御亲兵讨伐。十二日，他们分别向三条实美和岩仓具视要求实行废藩，获得了政府内宫廷势力的支持。十四日，在东京的各藩知事应召上早朝，宣布了废藩诏敕。虽然事前有不稳迹象，但终究无藩反对，废藩置县顺利达成，日本全国改设3府302县。之后，维新政府忙于制定府县官制，任命县知事（后又改称县令），合并各县，到十一月，合并为3府72县。与此同时，政府中央的人事和官制也有大变化。——明治初年为了协调拉拢各势力，将公卿和藩主大量安排到政府中担任高级职务，此次则彻底将此类人等清除了出去，在政府中枢只留下了自倒幕维新以来一直发挥作用的三条实美和岩仓具视，真正握有实权的几乎全是萨、长、土、肥四藩出身的，在废藩置县中发挥重要作用的兵部少辅山县有朋和民部少辅井上馨还升任了大辅，成为这两部的实际最高负责人。
在山县手下工作的陆军少将鸟尾小弥太回忆这前后局势的突变：“诸侯怀疑朝政，各自增强兵力，隐然呈现割据之势，其状至废藩置县之岁已达其极。各藩视政府如一贾市，皆信其终不能确立统一规模制裁天下。彼等窃以为，三藩鼎立，迟早势必瓦解，天下必生大乱，今日形势唯翘首以待此时机之到来。加之，世间破产流浪之辈，日渐哨聚部下，出没谋反，其势危如累卵，天下难期一日之安。当此之时，突颁废藩令，全出他人意外，恰如阴靋密布将雨之前，骤然雷霆下击，人人相顾无言，面面相觑，共同遵令而行。”
尽管事后的人事变动有明显的藩阀色彩，但是废藩置县的意义是极其重大的。它废除了封建割据的政治和经济基础，使日本真正从中世纪的封建制度走向了近代的绝对主义国家，日本的近代化进程才有了政治上的保证。正如木户所说：“至此，七百年来之旧弊政渐改其形，始可谓稍许确立与世界万国对峙之基础。”成为了作为“与世界万国对峙之基础”的近代绝对主义国家，一方面使得日本有了可以从帝国主义列强的压迫蚕食下获得独立自主的可能，当然另一方面——也应明确指出——它为日本的对外殖民侵略奠定了政治、经济基础。对此，应辩证地看待。
奉还版籍——设立御亲兵——废藩置县，明治政府以渐进的步骤克服了行政权、财政权、军权的不统一，逐渐摆脱了困境。然而随着矛盾的解决，矛盾的解决手段又引发出新的矛盾，下面就将逐一论述这些矛盾。
开国国策与攘夷派的矛盾
先回溯到维新之初。在维新政府建立伊始的庆应四年一月十五日（1868.2.8），就向国内公布了基本的外交方针——对外基于“宇内之公法”，进行开国和亲的修好外交。三月十四日，明治天皇率领群臣在京都皇宫的正殿紫宸殿举行仪式，宣布誓文，明确公布了新政府的基本纲领，其中第三条明确规定：“求知识于世界，大振皇基。”在倒幕行动中，维新派以“尊王攘夷”为纲领，斥责幕府的开国政策是违背天皇意志的悖逆行为，然而到此时，维新政府却又以开国和亲为基本国策。这样突然的变化，是出于什幺考虑呢？是明确认识到开国学习先进西方的必要性；还是认识到从军事、财政的理性考虑出发，所谓的“攘夷”不可能成功；或者仅仅是因为获取列强的好感，以避免其在内战中支持德川幕府（提出这两项政策时，幕府尚保有广大领地和军队，只是在名义上“大政奉还”）？总之，不管如何，维新政府确立了开国的国策。但是攘夷派头脑中“尊王攘夷”的意识根深蒂固，攘夷行为并未因此得以停止。庆应四年一月十一日（1868.2.4）备前藩兵与驻扎于神户的英、法、美等国军队爆发了冲突，史称“神户事件”。二月十五日，警备堺港的土佐藩兵与法国水兵冲突，造成法军十一人死，四人重伤，该事件被称为“堺事件”。维新政府为了表示和列强修好的决心，采取了完全一边倒的政策，全盘接受了列强的要求，赔款，谢罪，将责任者处以死刑。
二月十七日（3.23），在京都又发生了袭击英国公使帕克斯一行的事件。当天正好是各国公使参见天皇，攘夷浪士认为亲自召见“外夷”的使者，玷污了天皇神圣的纯洁性，使“皇国”面临“国将不国”的危险，因而决定斩杀公使。不过由于刺客只有两人，很快被负责防卫的日方人员制伏，公使本人平安无事。维新政府立刻派出外国事务局补、宇和岛藩主伊达宗城以及副总裁三条实美前去慰问公使，并许诺严惩肇事者。其后肇事者被枭首，英国政府表示谅解。
在攘夷派看来，不惟要讨伐“夷狄”，更要追究政府的责任，认为开国政策背叛了以往的路线。他们蠢蠢欲动，准备采取在幕末时代常有的暗杀来清除政府内的开国派。明治二年正月五日（1869.2.15）下午三时，参与横井小楠离开京都御所的政府，在回家途中遭到袭击，当场死亡。参加暗杀者为石见乡士上田立夫、备前乡士土屋延雄、中井刀弥尾、十津川乡士前冈力雄、尾州藩藩士鹿岛又之允等五人，全部是下级武士。暗杀者还写了一份“斩奸状”，宣布横井小楠的“罪行”为：“欲与夷贼同心，使基督教蔓延海内。”这开了明治时期暗杀政府高官的先河，而且更让人震惊的是，在司法和警察部门中有不小人以横井小楠为共和主义者为名，强烈反对处罚暗杀者，并且向岩仓具视提交了言辞激烈的反对书。为之，对凶手的判决停顿了下来。但九月四日（10.8），又一位政府高官大村益次郎遇刺。大久保对当时的局势发出警告：“此事倘有丝毫动摇犹豫，天下生杀予夺之权即有落入草莽手中之势。倘若如此，则必至土崩瓦解。” 政府也认识到不能姑息养奸，否则养虎贻患，后祸无穷。十月十日（11.13），对刺杀横井的首恶三人处以了枭首的极刑。
横井事件并不是孤立的，在日本各地，聚集攘夷派士族的各类“社”、“党”相当多，而且豪农和豪商也有参与其中的。这除了攘夷意识本身之外，还有物质生活方面的因素：开国与外国贸易，不平等交换造成了贵金属短缺，而贵金属短缺又引起了物价上涨，使得民众生活水平下降。这使得从武士、农民到市民，整个社会都蔓延着仇视外国人和开国政策的不平情绪。因而，在后来的士族叛乱中，也多有攘夷派的参与，或者以攘夷为号召的。
“文明开化”与保守主义、国粹主义者的矛盾
这个矛盾与上述的攘夷思潮在思想上有着一定的共通之处，同源自日本优于万邦的优越意识。明治元年十月，京都府发布的《告谕京都人民要旨》中指出：“我国号称神州，世界各国之中，无一国之风尚有胜于我国者。”而这样的“神州皇国”却在维新之后，迅速步向“文明开化”乃至于全盘西化，从机械器具到饮食习俗，事事效法西方，洋风蔚然，这是保守主义者和国粹主义者所不能理解和不能容忍的。当然，在效法西方上也的确是有矫枉过正之处。当时在东京，若有男子穿和式服装上街，不惟要遭到路人的耻笑，若被警察碰上，还会被训斥一顿。而且西化又与追求浮华奢靡、庸俗浅薄等不良习气结合在一起，这更为国粹主义者所不齿。
西乡隆盛曾针对此，尖锐指出：“文明者，乃对普行大道的赞语也，非指宫室之庄严、衣服之美丽、外观之浮华。……若求博采各国制度以进入开明，则首先应立我国之本体，发扬风教，然而徐徐斟酌彼之所长。否则，胡乱仿效，则国体衰微，风教萎靡，不可匡救，终将受彼之制。”他要求日本在精神上保持独立性，有理性、有选择的学习西方，这的确也是非常有道理的意见。但是作为后进国家的日本急切要求自强自立，追赶西方先进国家，其紧迫性决定了不得不在具体措施上有所取舍，有所牺牲，甚至矫枉过正也在所不惜。——这在我国，乃至一切后进国家的现代化进程中，也都是必经的一步。
无论是出自像西乡那样对本土精神独立性的严肃思考，还是出自浅薄狭隘的国粹主义，保守主义者一直对“文明开化”持着批判态度，在对政府不满的士族中尤为普遍，这也成为了士族叛乱中一个常见的号召点。比如在西南战争爆发前夕，在鹿儿岛士族中流行着一首《出阵歌》，其头四句即为：“古往今来之神国，为欧美夷风所迷惑。不顾日本之混乱，效法异国乱立法则。”
征兵制、秩禄处分与士族生存危机
如果说开国和文明开化还仅仅是在精神层面上刺激了士族，那么征兵制、秩禄处分却是从物质方面使得士族的生存发生了严重的危机。——这也是酿成一系列士族叛乱乃至西南战争的主因。
前面已经提到，在奉还版籍之后的兵制会议上，大村益次郎提议政府采取征兵制，组建直属军队。大村的意见遭到了大久保为首的萨摩派人士的强烈反对。大久保在日记中写道：“在藩兵之外招募农兵而组成亲兵，在军务官看来，决不让人安心。”大久保究竟在不安心什幺呢？难道是出于武士的自傲，怀疑农兵的战斗力？大久保亲历了倒幕维新，他不会不知道，长州曾以由平民组成的奇兵队打败了幕府方由武士组成的大军。也许他是担心向全民募兵，会导致世代以从军为生为荣的武士陷入无出路的境地，最终引发不可收拾的大乱。
大村的意见虽然最终未能通过，但是此事却流露了出去，引起了士族们对他的强烈仇视。不久之后，大村在京都遇刺，拖了两个月，终于不治身亡。大村是因为其主张威胁到了士族特权而遭至杀身之祸，而即便不威胁士族特权，也同样会引起大乱。
明治二年十一月，长州藩解散了幕末时期陆续组建的各部队，从中选拔精锐，重新组建藩常备军。旧的部队在解散之时大约有四千三百人，而新藩军为四个大队，总人数二千四百人，因而藩厅发布告谕说：“势必不能无退伍者，军纪军法亦不能不从严。”有些官兵在维新战争建立了功勋，却仍被勒令退伍；有的则对严厉的军纪不满。这些心怀不满的官兵脱队逃走，袭击藩厅，最后在木户和井上馨的镇压下平息。——这一事件被称为“脱队骚动”。“脱队骚动”说明了相对于参与维新的广大士族，维新政府的官僚体系、军队和警察组织所能吸纳人员额度有限。而这些自认为有功的士族一旦没有得到妥善安置，就会对政府不满，转变为政府的对立面。
相比于长州，萨摩由于武士阶层数量庞大，要占据人口总数的百分之三十以上，所以在安置士族的问题上，采取了截然不同的措施。明治元年八月，以西乡隆盛为实际主导，萨摩藩内部进行了藩政改革，兵制改革是改革的重要组成部分，原则是提升下级武士的地位和收入以及组建强大的藩常备军。到第二年初，萨摩藩常备军总计步兵16467人，炮兵511人，其他（辎重、骑兵）1190人，远远凌驾于其他各藩之上。明治三年二月二十日（1870.3.21）政府公布了“常备队编制条例”，规定各藩统一按照每一万石六十人的标准设立常备军，并且统一按照法国式编制来组建部队。步兵六十人一小队，二小队为一中队，五中队为一大队。炮兵以每二门炮为以分队，三分队为一小队。按照这个比例来说，萨摩七十七万的领地，常备军兵员数量不应超过4620名，但是萨摩藩利用自己在政府中特殊地位，强行将超过万人的军队全盘保留下来。
萨摩藩似乎不受政令所限，以扩军为办法解决了士族的安置问题。但是随着废藩置县，明治政府开始着手兵权归一、军务归一的改革。前面提到，在废藩置县之前，政府设立了东山和西海两个镇台。废藩置县之后的明治四年八月，在这两个镇台的基础上，重新改组设立了东京、大阪、镇西（熊本）、东北（仙台）四个镇台（后来又增设了名古屋、广岛两个镇台）。四镇台制较二镇台制的最大变化就是：二镇台制下，仍然是诸藩的常备兵，镇台只是指挥机构，而四镇台制则是将原各藩的常备兵解散，然后重组为政府的常备兵。兵部省的公告这样规定：“由于已指示废藩，故应将前此属旧藩管辖的常备兵一律解散，并改订全国统一兵制。”就这样，明治政府成功完成了军队国家化、中央化的课题，政府常备军数量也大幅度上升，从御亲兵的六千三百人左右提高到六镇台设立时的接近四万人（以上均不包括海军）。但从整个日本来看，大量的藩兵在此过程中被迫退伍回家，从军士族的数量大大减少了，士族的出路变得越来越窄。以鹿儿岛县（废藩置县后，萨摩改为鹿儿岛县）为例，取代旧藩兵的是熊本镇台鹿儿岛分营，共计常备军四个大队，规模较以往大大缩小。
明治四年十二月，兵部大辅山县有朋、少辅西乡从道、少辅川村纯义三人联名建议采取征兵制。起初山县只打算以士族为征兵对象，但是这违反了“四民平等”的法则，遭到反对。在政府内部又经过了将近一年的反复争论，最终在明治五年十一月（1872.12）下达了《征兵诏书》和《征兵谕告》。
在谕告中强烈批判了士族特权：“我朝上古制度，海内皆兵。有事之日，天子为帅，招募适合兵役的丁壮，以征不服。兵役解除之后，回归乡里，为农为工，或为商贾。原本无有后世佩双刀，称武士，抗颜坐食，甚至杀人而官不问其罪的。大政维新，列藩奉还版图，及至辛未之岁（1871年），恢复远古之郡县。世袭坐食之士则减其禄，允其脱刀剑，使四民渐获自由之权。此乃上下平等、人权齐一之道，即兵农合一之基。现今士非从前之士，民非从前之民，均为皇国一般之民，报国之道亦不应有所差别。”
根据征兵制，明治六年二月到三月，近卫兵（即御亲兵，明治五年三月改称近卫兵，是后来的近卫师团的前身）也解散重组。西乡时任近卫都督，是执行负责人，他提出对于退役回乡的官兵应从优发放抚恤金和旅费，“凡免役回乡之伍长以下，各赏赐可供两人生活之资，第一次应征入伍者发放五年，第二次应征入伍者发放两年”，按照这个标准，若是第一次服役的二等兵就可以拿到二百五十七两，的确可称丰厚。
即便如此，征兵制还是从本质上严重打击了士族的特权，引起了士族们的强烈不满。陆军少将桐野利秋曾当着熊本镇台司令谷干城的面，大骂主张征兵制的山县，责问：“召集土百姓作人形，究有何益？”（土百姓是对平民的蔑称，而人形是玩偶的意思。由此可见士族对百姓的傲慢和轻视。）明治六年七月，福冈士族暴动，提出重新起用士族的政治要求。——士族的不满，除了出自传统的自我优越感之外，更多的是对前途的不安、对权利遭到剥夺的愤懑。在实行征兵制之后，士族所残余下来的特权只有家禄了，然而明治政府下一步改革的目标，正是要“秩禄处分”。
世代继承的家禄，是士族根本的特权。明治政府虽在成立之初即有废除的想法，但由于涉及到士族根本的生计问题，不得不谨慎处之。开始的手段是削减，在奉还版籍之时，就曾大幅度削减士族的俸禄。明治三年，政府也曾提出，只要士族提出申请，就将把五年的俸禄作为创业资金一次性支付给本人。到了明治四年十二月，由于大部分士族在创业中都遭到失败，因而停止了这一措施。
在废藩置县之后，形势有了根本性的变化。在旧幕时代，家禄和“奉公”是联系在一起的。奉公是履行封建义务，而家禄则是封君对此给予的封建权利，两者互相依存，实际是一种契约关系。也就是说，凡是领取俸禄者，都是某藩（或者直属于幕府）的“公务员”，要负责一定的工作。家禄世代继承，同时也要世代继承工作职务。废藩之后，旧的藩政不复存在，士族们自然丧失了奉公的对象，因此也就形成了单方面领取家禄却不承担义务的局面。另一方面，尽管士族的俸禄已经被消减，但是仍然占到政府年支出的百分之二、三十（明治六年，政府的地租收入是6000万日元，而家禄支出为1804万），是支出中最大的一项，这使财政运转明显不灵。士族的“坐食”还造成了士族游民化和社会的不安定，这使得政府内部对一年要白白支出二千万日元的家禄意见极大，从四民平等和改善财政的角度要求“处分”家禄。此外，由于家禄屡遭削减，低禄者单单依靠家禄无法维持生活，日益陷入贫困，从这个考虑出发，家禄改革也势在必行。
明治五年，大藏大辅井上馨等提出削减家禄1/3，并在六年中以禄券支付剩余的家禄，六年付清。这个提案被认为太过激进，木户担心“今若夺此二、三百万人之衣食，使其失养老育幼之德，则廉耻爱国之恒心必随饥寒而逐渐消失”，这样就不免发展为“过于危疑饥寒，煽动良民，致令到处作乱”。因而井上的方案没有通过，取而代之的是：继续支付家禄不变，但以“征收海陆军费”的名义抽取家禄税；另一方面，家禄不足百石者如果提出奉还家禄，则政府一半发给现金，另一半发给“秩禄公债”，公债年息8％，为期三年，第三年开始偿还本金，七年付清。以上措施在明治六年十二月公布，七年十一月又宣布家禄百石以上者也可以照此办理。政府希望由此解决家禄问题，士族们依靠着这笔资金，可以自谋生路。但是由于士族们普遍不善经营，大量破产，内务省调查下来发现“迅速陷入贫困者十之七八”，不得已，政府在明治八年七月停止了奉还。
明治六年七月二十八日，政府公布了《地租改正案》，地租不再征收实物，改收货币。继续向士族支付禄米也因此变得不可能了，因而明治八年九月废止了禄米制，改用货币支付。政府趁机将支付的米价按照较低标准计算，变相地削减了士族的家禄。尽管如此，政府在此项上的支出仍占年支出额的近1/3。所以到了明治九年八月，尽管仍有如木户等同情贫困士族的官员反对，政府还是断然实行了“金禄公债”制度，前5年年息5～7％，5年后按照抽签的方式分30年偿还本金，彻底废除了士族家禄。
然而这些士族和先前奉还家禄的士族一样，虽然得到了一笔资金，但大多数人都经营失败，最终沦为劳动力市场上待价而沽的赤贫者。尽管政府也采取大量扶植措施，尽量给士族们提供生计，比如组织开拓团、发放贷款等，但是封建制度解体造成旧阶级的分化这个历史规律不可动摇。士族们丧失了一切物质上的特权，他们急需可以维持生计的出路，而他们当中的一部分人是不甘与平民为伍，去出卖劳动力的，那么剩下的途径就是将危机向海外转嫁，加强军备，进行军事扩张，将士族们的愤懑和不满引向海外。
征韩论与明治六年政变
日本近代所谓“征韩”的论调，并非在明治维新后才有。在江户时代，朝鲜和日本存在着“互通信义”的对等交往，然而随着日本主义的抬头，当时的部分学者却虚构出一种朝鲜服从于日本的想象。到了幕末时期，幕府日益没落，列强开始冲击日本的国门，日本的知识分子普遍有着强烈的危机意识。作为解决本国危机的手段，就有人提出向海外用兵，获得与列强对峙的资本，朝鲜自然成为首当其冲的目标。另一方面，部分人又以日本主义为思想武器，强调日本的神圣性、优越性，歪曲和神话历史，证明日本对朝鲜进行“征伐”的传统性和合法性。
幕末时期的重要思想家吉田松阴就曾提出：“癸丑（指1853）、甲寅（1854），一大机会也，乃坐失之。为今之计，以亲善而制两虏，乘隙富国强兵，开拓虾夷，夺取满洲，占领朝鲜，合并南地，然后挫美折欧，则事无不克。前者失机，尚未足深惜也。”
木户孝允在维新之初即提出：“第一希望速定天下之方向，遣使至朝鲜，问彼之无礼，若彼不服，则鸣其罪，攻其土，以大张神州之威。届时，则天下之陋习忽焉一变，远定目标于海外，随之，百工器械真正与之俱进，一洗竞窥内部、谤人之短、责人之非、而不自省之恶习。至于必将广增国土，自不待言也。”他又说：“立皇国之大方向，使亿万人之目光由对内一变而为对外，使海陆诸种技艺切实发展，又于振兴皇国，维护万世，别无他策。”可见，木户的征韩论的重点是要通过“征韩”，达成举国一致，克服内部危机。木户的这番话是在明治元年十二月十四日（1869.1.26）说的，当时明治政府的主要危机正是中央集权化尚未完成，所以木户就将着眼点放在了如何“使亿万人之目光由对内一变而为对外”上。
在木户发表此番议论稍前，明治政府派出的第一个对朝外交团于明治元年十一月六日（1868.12.19）到达釜山的草梁倭馆，其目的是向朝鲜通告日本国内政权更替以及“御一新”的情况。使团仍由在旧幕府时代一直负责对朝事务的对马藩具体负责，使团的首席是大差使正官樋口铁四郎，八日与朝鲜方面的负责官员会面。然而朝鲜提出，无法接受日方文书中诸如“天皇”、“敕”等用语，他们坚持认为：“皇是一统天下，率土共尊之称，虽行之贵国，而贵我间往来书中，则交邻以来，未有之事。如此句，决不可受。”朝鲜坚持要求日本修改文书，而日方也坚持不肯修改，交涉陷入僵局，使团在朝鲜逗留了将近一年，也未能使朝方改变立场，最终只能悻悻而归。——交涉的失败，关键在于双方对国际秩序的理解完全不同，日方已经接受了近代的国际秩序观念，而朝鲜仍然固守以中国为中心的华夷秩序。因此，日方文书上的“皇”、“敕”等语，自然会被朝方认为是对其所尊奉的大清皇帝的不敬，是其不能也不敢接受的。
之后，日方又派遣外务权大录佐田白茅、少录森山茂等前往朝鲜，催促朝方回复日方的国书，然而仍然不得要领。佐田将事务委托给森山等人，自己返回对马，起草了一份征韩建议书，提交给政府。其中说：“朝鲜知守不知攻，知我不知彼。其人深沈狡猾，国陋傲顽，觉之不觉，激之不激，故不以兵力断然莅焉，则不为我用也。况朝鲜蔑视皇国，谓文字有不逊，以兴耻辱于皇国；君耻臣死，实不俱载天之寇也，必不可不伐之；不伐之，则皇威不立也，非臣子也。”出于对两方实力的认识，佐田提出：“以朝鲜国妄用武臣之激论、蔑视皇国之故，可发三〇大队之兵征讨之。”佐田是久留米藩士，因而久留米藩内一片支持佐田的呼声，群情鼎沸。然而当时明治政府忙于解决废藩置县的大问题，一时还无精力去考虑是否要“征伐其罪”，将佐田的建议视为“书生之见”（木户语）。
附：丸山作乐事件
丸山作乐是肥前岛原藩士，时任外务权大丞。他对佐田白茅的征韩论很是赞同，因为屡次劝诱外务卿泽宣嘉而不成，于是自己与佐田密谋叛乱，但佐田认为不会成功，也没有答应。
于是丸山便自己去寻找“同志”，他通过心腹丹波国笹山藩士畑继世，与高知藩士冈崎恭辅、久留米藩士古松简二等人密谋“朝鲜侵攻”的计划。他们打算，首先向外国借得资金，购买军舰、兵器，招募同伙，欲在准备停当后侵略朝鲜。这个可笑而疯狂的计划没有持续多久，明治四年政府发觉了丸山等的计划，将其党羽全部逮捕。丸山本人也于三月二十二日（5.11）被拘押，四月十一日（5.29）被罢免官职。丸山的罪行是“现官の国事犯”，当时法律上还没有适用条款，因此也没有能审理的裁判所。为此，司法省设立了临时裁判所审理此案。明治五年四月二十三日（1872.5.29）以“不惮朝宪，与诸藩士及草莽书生辈妄议国交之事”的理由，剥夺其士族身份、终生监禁并流放到长崎县。明治十三年一月获得特赦。
明治五年九月，借着废藩置县，外务省收回了长久以来由对马藩代理的对朝交涉权，并接收了原由对马藩管理的釜山草梁倭馆，改名为“大日本公馆”。草梁倭馆其实并非对马藩的产业，而是归朝鲜所有，不过是由于与对马有传统往来，所以一直允许其使用，供对马藩的职员和商人居住而已。而外务省却将旧对马藩的职员清退，改由外务省的官员接管。这刺激了朝鲜方面，产生对日的不信任感，朝鲜国内的反日情绪开始高涨，出现了排日行为。
在釜山公馆的外务省七等出仕广津弘信，在明治六年五月二十一日和三十一日接连向外务省提交了报告书，陈述局势。报告书的大致内容有以下三点：一、朝鲜官府禁止向公馆供应生活物资，取缔了对日贸易。二、取缔理由之一为：东京的三井组借用对马商人的名义和朝鲜交易，被朝鲜方发现，朝鲜对此类“僭商”行为极为愤慨（这里说明一下，朝鲜李朝政府在对日贸易上采取限制手段，规定仅对马商人是合法的贸易对象）。三、朝鲜东莱府在公馆门前张贴告示，告示上指责日本模仿西洋的制度风俗而不以为耻，违反贸易规定，从最近日本人的所作所为来看，日本是“无法之国”，朝鲜国内也爆发了对日的示威活动。当时的外务卿副岛种臣正出任全权特命大使出使我国，大辅寺岛宗出使英国，代理省务的最高负责人是外务少辅上野景载。上野认为广津的报告关系重大，直接向政府最高官员——太政大臣三条实美上报，请求审议。这事成为了征韩论争和明治六年政变的导火索。
明治四年岩仓使节团出国后，同行有大久保利通、木户孝允、伊藤博文、山口尚芳（外务少辅）等政府高级官员。在国内留守的则是太政大臣三条实美、参议西乡隆盛、板垣退助、大隈重信、江藤新平、后藤象二郎、大木乔等人。在开始讨论所谓“征韩”之时，岩仓使节团还没有全部回到日本，因而最初的讨论主要在留守政府中展开。这时，一直担任对朝交涉具体工作的外务少录森山茂也从朝鲜归国，他热烈的鼓吹出兵，起到了推波助澜的作用，《西南记传》中这样记载他的意见：“韩国政府顽迷不灵。维新以来，屡屡凌辱我使节，拒绝我国书，不但啻之不应，今又发布无礼万千之传令书，煽动其国人，益加排斥我。而我居留民困弊之状，有不可胜言者。于今付之不问，则无知之韩民如何加害我民，未可知也。今日之策：举我居留民，自韩国撤退乎？若不然，断然以武力临韩廷，使之缔结修好条约乎？不可不二者择其一。”
在朝野一片喊打之声中，太政大臣三条实美决定了阁议的主题：将对朝交涉视为“关朝威，系国辱”的重大问题，认为朝方“将我目为无法之国”，自然导致“不虑之暴举”，而“我人民将遭受何样的凌辱，其势难测”，因而准备对朝鲜加以“断然出师之御处分”，派遣“陆军若干，军舰几只”，保护在韩日本人，并命令九州镇台随时保持戒备。在此军事压力下，派遣使节，“以公理公道，必然达成谈判”。——也就是说，日本准备开展炮舰外交，正如美国在二十三年前对日本所做的那样，在朝鲜的海岸上架设起几门大炮，强迫朝鲜开国，与己签订条约。至于这个条约是基于何种“公道公理”的，自然也不问可知。
板垣退助完全支持这个方案，他主张迅速派出陆军一个大队，保护在韩日本人。阁议的整个倾向也倒向此。然而西乡却表示反对，他认为：“今若忽然向朝鲜国派遣陆海军，保护吾臣民在彼地居留者，朝鲜之吏民见之，怀疑惧之心，必曰：‘日本国谋划呑噬朝鲜国。’由已启其端，是违吾朝廷当初对朝鲜国之徳意，宜停止派遣陆海军，先派遣全权使节，以公理公道晓谕朝鲜国政府，使彼政府自悔悟其过。”西乡自己要求作为全权大使赴韩，去“晓谕”李朝政府。三条实美提出大使应乘坐军舰出使，并派遣护卫兵随行，并表示之前接收草梁倭馆时外务大丞花房义贞也是乘坐军舰春日，并有步兵两小队护送的。西乡对此也表示反对。
那么西乡真是要抱着道德和和平理想，去对朝鲜政府循循善诱，劝其放弃无端仇日，与之开诚布公，说明世界大势，告知在当今之世界，不开国学习西方是无法立足的吗？他的外交真的是抱着日韩友好和化干戈为玉帛的诚意的睦邻友好外交吗？他所谓的“公理公道”又是什么样的公理公道呢？
在日本，西乡是广受尊重和敬爱的人物，他的信牍文章经人仔细收集，到目前留存下来的极多。这不啻为我们提供了第一手的自供状。八月十六日，他去三条的家中与其商谈，次日他给板垣的信中详细叙说了自己是如何与三条辩论的：“此时决非立即开战之时，战争应分两步走。今日之势，从国际公法追究，虽亦有可讨伐之理由，然彼尚有辩解余地，且天下人更不知底里。今我丝毫不抱战争之意，仅责其轻薄邻交，且纠正其前此之无礼，并示以今后拟厚结邻邦之深意。本此宗旨派遣使节，彼必不仅气势凌人，甚至将杀害使节。其时，天下人皆将奋起而知其应予讨伐之罪，非至此地步不能了结。此事则思乱之心转向国外，移作兴国之远略，此固无庸申论。”
板垣对西乡通过派遣使节来获得开战借口的设想很有兴趣，但是他也知道，这样做必然要以牺牲“全权特命大使”西乡的性命为代价，对此他很难赞同。为此，之前的八月十四日，西乡写信说服板垣：“派遣小弟（西乡）之事，若在先生处（板垣）处犹豫不决，必将又拖延时日，敬希出面干预，排除异议。舍此，则断难实现开战，故用此温和之计，引彼入我彀中，必将带来开战之机。倘以余在此举中万一遇难为不妥，而生姑息之念，则于事理不合矣。吾身已十去八九，余年不多，敬祈俯允所愿。”
不必再多引材料，我们就可以看出，所谓不违反“吾朝廷当初对朝鲜国之徳意”、要“示以今后拟厚结邻邦之深意”的西乡隆盛究竟是抱着什么样的用心和目的。一方面向国际社会做出“我丝毫不抱战争之意”的和平外交姿态，一方面又激怒朝鲜，“引彼入我彀中”，诱使其杀害使节，将战争责任全部推卸到朝鲜一侧，使得“天下人皆将奋起而知其应予讨伐之罪”。不仅将如何挑起战争、如何在国际法上处于有利地位、甚至连如何挑起国内的仇韩情绪都考虑停当，这样“丝毫不抱战争之意”的“和平外交”，用日语来说还真是“前代未闻”，是可以与石勒苏益格号在1939年8月对但泽的“友好访问”并称双璧而不朽的。
西乡计划的目的也是十分清楚，将“思乱之心转向国外，移作兴国之远略”，而当时 “思乱”的就是因特权逐步丧失而不满的士族，利用这些暴徒去实现“兴国远略”，无疑内可平息士族对政府的不满，外可从军事冒险中获得丰厚的回报。
板垣等是否被西乡的“壮绝”而热泪盈眶，感动得不能自已，现在已经不可得知。不过由于西乡的极力坚持己见，事情向着他所希望的方向发展，三条实美答应在八月十七日召开内阁会议决定。十七日，内阁就西乡提出的派遣大使一事做出了决定，七名参议中，西乡本人没有到会，除了大木乔之外，板垣、江藤新平、后藤象二郎、副岛种臣都表示同意，而木户则置身事外。
西乡认为决议已下，岩仓等人也不会反对，此事已铁定成功。十八日，他听到内阁通过自己的提案，极为高兴，跑到板垣家去致谢。板垣凑巧不在。西乡在次日致信板垣：“昨日拜访府上，适值外出，未能当面致谢。托先生之福，弟之心情甚为快慰，沉疴亦顿见平愈。自条公（三条实美）宅邸至先生寓所，弟乃飞奔而至，步履亦觉轻快。现无横生枝节之忧，实乃平生快事。要事既妥，弟又得潜居青山矣。”
十九日到二十三日间，三条实美向在箱根避暑的天皇上奏讨论结果。根据岩仓使节团出使之前的约定：留守政府不做出重大的变更现状的决定，若必须做出，则要和使节团联系，共同决定。此时，使节团中的岩仓、伊藤博文、山口尚芳等已经预定在九月十二日回国，因而天皇决定：“派遣西乡担任使节赴朝鲜一事，宜待岩仓回国认真研究后，再行上奏。”三条回到东京向西乡传达了天皇的旨意。西乡认为此事已再无争议，因而心情愉快的准备赴朝而死，他向同乡陆军少佐别府晋介要了一支手枪（估计是自杀用的），打算在九月二十日出发。此期间他还写了一首《蒙使于朝鲜国之命》，自表心情：
酷吏去来秋气清，鸡林城畔遂凉行。须比苏武岁寒操，应拟真卿身后名。欲告不言遗子训，虽离难忘旧朋盟。故天红叶凋零日，遥拜云房霜剑横。
在这首诗中，西乡以苏武、颜真卿自况，并且虚构了在红叶凋零之时（若按计划，西乡到朝鲜时已经是深秋，正是红叶凋零的时候），朝着东京的天皇遥拜，然后“杀身成仁”。可见，他对如此葬身也是自我陶醉得不能自已。
然而，西乡所没有想到的“横生枝节”却发生了。八月十九日，木户从三条实美处得知了阁议的结果。他虽然一直袖手旁观，却绝非无所事事，到了这个时候，他意识到自己必须采取行动阻止西乡的冒险。正如前述，木户也是一个征韩论者，他在日记中曾经写道：“征韩之念勃勃在胸。”而且他也与西乡类似，不赞成莽撞的出兵：“虽曰征，非乱征之也，乃欲推广世界之道理也。”即要符合帝国主义列强行为准则，以所谓国际公法为掩护，将自己的侵略合法化、合理化，防止第三国出面干涉。然而，作为岩仓使节团的全权副使在西方周游了近两年，木户对西方世界有了丰富而直接的了解，在赞叹列强的强势之余，他也深刻感受到日本是多么落后，维新是多么的不成熟。因而他的思想较明治初年有了很大转变，认为当以内政为主，首先加强日本自身的实力，然后再徐图外侵。十九日当天，他就开始起草一份针对朝鲜和台湾问题（即琉球漂流民事件）的意见书，反对当前对外发动战争，其中心即为：“朝鲜不愿与我交友，固应举兵伐其无礼”，但“治国之效尚未化为文明，国家之发展尚未能适应富强，有独立之名而无对立之实，正应立足与万邦对峙”。当然他并非放弃了对外侵略，而是“伏愿首先励精图治，强我国力，正我之名而后徐谋两国。期以数年之后，未为晚也”。
他写完意见书后并未立刻提出，而是四处交际应酬，寻求支持。九月三日，他去拜访了三条实美，向他倾诉自己整顿内务为先的意见。九月十三日，岩仓、伊藤博文、山口尚芳等回国。反对立刻征韩的大久保、木户等人，开始以岩仓为核心，公开提出异议。三条实美和岩仓商量向朝鲜遣使之事，岩仓以木户和大久保未参加八月十七日的会议为由，当场予以否决。之后，又将大久保也提拔为参议，加强了反对征韩一派的实力。由于各种事情拖延，重新对此事展开讨论已经是十月十四日。当天参加会议的有：三条、岩仓、以及西乡、板垣、大隅、江藤、大木、后藤、大久保、副岛八名参议，木户因生病而缺席，由伊藤博文代理出席。西乡要求立即决定任命自已为赴韩大使，而另一方以大久保为首主张治理内政、积蓄国力。在西乡和大久保之间爆发了激烈的争论。《西南记传》中描写当时的场面：
“当时，非征韩党的参议皆沉默不言可否，唯大久保公然吐露反对意见。而于西乡、大久保之间，有激烈论战。板垣退助说：‘此时西乡与大久保之议论感情驰走，动辄越出常理，使一座呆然，不容置喙。’ 大久保以改善内政为急务，反对西乡的主张。板垣和副岛乃曰：‘不应唯漫无边际侈谈内治之改善，宜预定改善的期限和程度。’大久保说：‘今有新设立内务省之计划。着手此计划期间，若得五十日的拖延，则不辞同意（指征韩）。’板垣等乃询问西乡：‘可否暂待？’西乡不听，断然曰：‘如此国家大事，虽一日不能拖延。’议不能决，因而将决议延期至次日。”
十月十五日的第二轮会议上，西乡和木户缺席，征韩一方有板垣、江藤、后藤、副岛四人，而反对方则有大久保、大木、大隈。双方的意见有如平行线一样，不可能有相交。三条实美让全体人退席，只留下岩仓一人密谈：“此乃西乡下定决心之事。军队之动静亦视此举之进展，如此，则恐驾驭之策难矣。如果军队失去驾驭，则将成不可挽救之大患。如今否决征韩论，则西乡必然辞职。西乡的进退关乎国家安危，我决定采用西乡的意见。”岩仓也怕西乡在士族和军队中的极高声望，若他有过激举动，恐怕局面要失控。因而他动摇了，同意派遣使节。事后岩仓劝慰大久保：“条公及鄙人已断然决定，除通过之外别无他法可想。昨今之评议已无可置言，诚不体面也，幸以宽宏大量待之。”
十月十七日，大久保、木户递交了辞呈，大隈和大木也追随辞职。在当日的会议上，西乡催促三条将会议议定的结果上奏天皇，请求勅裁批准。三条以岩仓和大久保缺席为理由决定延期到次日。十八日，岩仓也以生病为由请求辞职。三条被他们搞得心力交瘁，终于病倒，昏迷不醒。以此为转机，大久保等开始谋划翻盘，四处活动。十九日，在日记中，大久保写道：“事已至此，余亦无其他挽回之策，然有一密策。”
形势开始逆转。十月二十日，明治天皇下敕驳回了岩仓的辞职，并且要求其代理三条实美的职务：“国家多事之折柄，太政大臣得意外之病患，朕甚忧苦。汝具视代太政大臣。”由岩仓暂时代理太政大臣，这难道就是大久保所说的密计吗？
十月二十二日，西乡、板垣、副岛、后藤四人到岩仓家中，要求其上奏十五日的会议决定。岩仓说：“予与三条公意见不同，此卿等所知者。今予为太政大臣代理，不能不将予之意见亦奏上。故予欲将两说一并上奏，听待御裁可。卿等暂待敕答之降。”西乡与之激烈辩论，西乡说：“此事既由三条公内奏，已有御裁降下。今如付之再议，恐有虞圣意。对此，如何考虑？”岩仓：“即便御裁降下，余将以己意见进谏，中止派遣使节。”西乡被其激怒；“阁下之言既已至此，我等便与阁下无话可说。”然后，愤然离席。次日，西乡就递交了辞表。
十月二十三日，岩仓将十五日的决议和自己意见一并上奏，请求天皇亲自裁决。他本人的意见为：“今臣奉使复命，尚无暇详细报告，而遇内阁遣使朝鲜之决议。臣窃思之，维新迄今仅四、五年，国基未坚，政理未整，治国之具似备而告警之虞难测。今日之时犹未可轻图外事也。虽然，朝鲜国与我修邻好，于兹数百年，彼加非礼于我，我岂能默然受之？且遣使之事，业已初步决定，臣亦然之。至于派遣日期，则不可不详审缓急步骤。若彼顽固不化，不加礼于我国使节，则我不可无对策；若我无对策，有损于我国权也。且彼已显露端倪，故遣使之日即决战之时。此乃军国大事，不可不深谋远虑也。……伏冀陛下深察事之本末、势之缓急，圣断之。臣具视不胜激切屏营之至。昧死上言，诚惶顿首。”天皇表示：“是国家之大事也。朕熟思之，明朝答之。”
十月二十四日，天皇以敕书的形式，告知采纳岩仓的意见：“朕自继统之始，体先帝之遗旨，誓尽保国安民之责。赖众庶同心协力，渐至全国一致之治体。于是整国体，养民力，以期永远之成功。今嘉纳汝具视之奏状，汝宜奉承朕意。”赴韩使节一事被无限期延期。同日，板垣、后藤、江藤、副岛四人也提交了辞表。“征韩派”五参议的辞表被立刻受理，允许五人辞职。十月二十五日，岩仓和大久保开始重新组建内阁，将伊藤博文和胜海舟补任为参议，政府中枢进行了大换血。——这一事件即是“明治六年政变”。
明治六年政变的实质在于以西乡为首的征韩派和以大久保为首的内治派的对立。但其实对所谓“征韩”一事，双方并无二致，都认为必将对朝发动战争。所不同的是：西乡要求立刻遣使，以获得开战的借口；而大久保认为遣使就必将导致立即开战，而日本实力尚且虚弱，维新成果还未巩固，当下尚不是对外扩张的时机。西乡之所以急于要求遣使，是他着眼于眼前的士族问题，要利用对外战争转移国内矛盾；而大久保则从长远考虑，谋求渐进式的扩张，避免第三国的干涉。——双方的矛盾点其实也就在此。
再将话题转回，西乡等人的下野引发了极大的震动。天皇在二十五日和二十九日两次向近卫兵下达敕书，要求：“汝众决勿怀疑念，应一如既往，克尽职守。”并且还亲自召见篠原国干等将校，进行劝慰。然而近卫兵尤其是萨摩出身者，还是有数百人辞职。根据《明治天皇纪》记载：“辞职而去者甚多，近卫士官因此几成一空。”其中在后来西南战争中担任萨军要职的有：陆军少将桐野利秋、少将篠原国干、少佐别府晋介、少佐永山弥一郎、少佐池上四郎、少佐渊边高照、少佐贵岛清、上尉边见十郎太等人。此外，警视厅中的警官也有很多辞职回乡的。
明治政府的政策逐步削除了士族的特权，引发了士族的不满；而西乡和近卫军官们的下野，使得对政府不满的士族们拥有了精神领袖和实战指挥官，这让不平士族们拥有了基层和高层相结合的可能。时局发展到这一步，西南战争已是不可避免。二、西南战争的爆发
私学校概况
所谓“私学校”，并非学校，而是具有私人军队性质的团体，是将西乡们和反政府士族最终结合在一起的组织。其设立在明治七年六月，地点为城山的藩马厩旧址。学校分为两个部分：枪队学校，由篠原国干为监督，成员为原近卫步兵，开始时人数约有六百；炮队学校，由村田新八为监督，成员为旧藩炮队成员和原近卫炮兵，开始时人数约有二百。此外，还有一所少年学校，由渊边高照为监督，成员主要是原陆军少年学校的学生，它的经费来自西乡的赏典禄（政府对在维新中有功人员发放的特别俸禄，西乡是藩士中最高的，有二千石），因而也称“赏典学校”。因为其宗旨、性质与私学校相同，所以一般也将之归为私学校的一部分。虽然西乡本人并不负责私学校的具体事务，也很少到私学校去，但他无疑是私学校的最高领袖，作为私学校纲领的两条校训即出自西乡之手：
一、志同道合者暗为集合，亦即必须不断钻研其理，道义所在，不顾一己之身，加以实践。
二、尊王悯民乃学问之本旨，亦即必须研究此理，于王事民义，一心排难，务必立身于唯一之正义。
私学校的规模扩展得十分惊人，很快在鹿儿岛市内由一所扩大到十三所，并在县内各地陆续开设了一百多所分校。人员也急遽增加，城山本校的人员最高达七千人，其中一千五百人是具有实战经验的。其他各分校的成员多则一千，少则数百不等。根据明治九年十二月十九日熊本县三等巡查藤濑俊造的侦察报告，私学校的成员，自十七岁至四十岁，总数约有二万。每天在城下本校操练的就有三千四、五百人。
私学校发展的如此之快，除了士族的不满日益高涨之外，鹿儿岛县政府的支持也是一个重要因素。时任县令的大山纲良，也是鹿儿岛县出身，以他为首，鹿儿岛县厅我行我素，视中央的政令如无物。别县的官员都是由中央随意委派的，而鹿儿岛县厅上下几乎没有一个外县人，甚至有以整体辞职来抵制中央派来的外县籍官员之事发生。上行下效，整个鹿儿岛县弥漫着一股自成一体的“割据”思想，县厅在经费上和设施上都为私学校大开方便之门。
韬光养晦的西乡
自从明治六年政变之后，士族叛乱愈演愈烈。明治七年二月四日，以江藤新平为首，发动了“佐贺之乱”。九年十月二十四日，太田黑伴雄为首的神风连（也称敬神党）袭击熊本镇台，杀死了镇台司令种田政明少将和县令安冈良亮。十月二十七日，福冈县士族以矶淳和宫崎车之助为首，举兵响应神风连。同日，以前原一诚为首的山口县士族响应神风连，号称“殉国军”，发动叛乱。同月，在东京，与前原一诚有联系的旧会津藩士图谋袭击千叶县厅，结果被事先发觉而未遂。
面对这些叛乱，各地的不平士族都把他们将目光投向西乡，希望他能振臂一呼，领军起兵。在佐贺之乱中，江藤新平甚至亲自跑到鹿儿岛，要求西乡出马，却被西乡拒绝。神风连起兵后，鹿儿岛警察署长野村忍介跑去向西乡报告，西乡说：“此大约乃大野铁兵卫（太田黑伴雄）之辈所为，请速回去安定人心，以免发生动摇，勿使壮士之辈附和而轻举妄动。”闻知前原也开始暴动后，有人认为时机已到，跑去劝说西乡，结果被西乡训斥：“汝等抛弃管教、稳定私学校学生之任务，亲自前来如此言行，用意何在？”
西乡并非真的要坐视不动。他在十一月给友人桂久武的信中，谈论了当下的局势，并吐露心迹：“若匆忙回府，担心壮士之辈骚扰。此间举动决不可暴露，时至今日更是如此。一旦行动，则将惊动天下，谨此密告。”西乡的本意是要等待时机，做好准备，时机一到，便要“惊动天下”。然而接下来发生的一系列事件却导致了这“惊动天下”的提早到来。
政府的预防措施与火药库抢劫事件
虽然局势已经越来越危险，大久保却仍然相当乐观，觉得西乡是不会起兵的：“有老西在，只要其在名义上和口头上仍持从前主张，就决不致有暗地起事之类的行动，西乡此种气质乃余所深知，故无需格外操心也。”然而时任政府顾问的木户却要求大久保严密监视鹿儿岛的情势，并且提出以下四点措施：一、改革鹿儿岛县政，断然替换参事以下的官员。二、以内务少辅林友幸担任鹿儿岛在勤，视察鹿儿岛的情况。三、派遣警察潜入鹿儿岛，探察私学校的动静，挑拨离间，从内部瓦解之。四、将鹿儿岛县内的兵器弹药移往大阪，以预防私学校的野心。
大久保听取了木户的意见，派出内务少辅林友幸前往鹿儿岛，林于十二月二十七日到达鹿儿岛，视察之后，他得出了与其他各县并无差别、无需替换官员的结论。木户改革鹿儿岛县政的计划暂时搁浅。——不过，就算真的决定替换官员，由于时间紧迫，也未必能在西乡起兵之前达成；即使匆忙达成，也很难阻止西乡起兵。
木户计划的后两项也得到了实行，不过却没有能防止叛乱的发生，反而成了西南战争的导火索。
一月二十七日，大阪镇台雇用的三菱会社的汽船赤龙丸，搭载着陆军士官到达鹿儿岛，准备将存放在鹿儿岛的武器弹药全部运出。一月二十九日夜，私学校的激进派松永高美、堀新十郎等人聚集在汾阳尚次郎家中饮酒。谈及新到港的赤龙丸，就有人提到有这样的传闻：政府乘夜深人静，悄悄将弹药运至赤龙丸上，准备运往大阪。这引发了激进派的不满：“自藩制时代就有的弹药，若被政府运往大阪，万一发生什么事情，就没有可以应付的东西了。”于是，他们纠集了二、三十人，在半夜十二点冲入位于草牟田村的造船所火药局，抢劫了四座仓库中的一座，一举夺得弹药六万发。
二十九日的抢劫完全是少数激进分子的独立行动，事先并未与私学校的干部商量。而次日，县政府和私学校的干部全都得知了此事，却并未采取实际行动制止，任由武器弹药落入私学校手中。当日早晨，县警察署的一等警部中岛健彦前去视察了被盗情况。夜里，抢劫火药库的人数扩大至千余人，他们破坏了所有仓库，并将剩余的弹药抢夺一空。陆军上尉新纳军八跑到县厅，向县令大山纲良紧急汇报了大规模抢劫一事。大山只是告诫矶海军造船所次长菅野觉兵卫海军少佐，如果暴徒们去抢劫矶海军造船所附属的弹药库，鉴于人数相差悬殊，那么就应该以温言抚慰，临机应变。果不出所料，三十一日夜，私学校成员千余人冲往矶海军造船所，抢劫了一批枪支弹药。翌日，菅野少佐向大山要求：若县厅不能制止此种行为，则他将向熊本镇台报告，派兵前来弹压。大山搪塞以若镇台兵进入县内，则将事件重大化，恐局势将更不可收拾，目前应以警察来保护。——而实际上，警察的人员不足，也根本没有派出什么警察前去保护。菅野少佐从县厅返回造船所，立刻起草了事件报告书，送往熊本镇台，并由熊本镇台向东京的海军省发报。同时，他命令向剩余弹药注水，使其失效。当晚，私学校成员千余人又一次冲入造船所，将所有剩余的枪械、弹药一扫而空，连浸在水中的也不放过。二日夜，私学校成员再一次扫荡了造船所，大肆破坏掠夺，并将造船所职员打得头破血流。三日，菅野少佐完全灰心了，决心离开鹿儿岛。他关闭了造船所，将造船所的资金二万九千七百日元交给了鹿儿岛县厅，然后离开鹿儿岛，在二月十九日到达东京。——然而这笔钱除了二千五百日元最终交给政府之外，其他的都被大山县令转交给了私学校，成为叛乱的资金。前来搬运弹药的赤龙丸见形势不妙，任务已不可能进行，已于二月一日先期离开鹿儿岛，五日回到了神户。
抢劫军火，前后持续了五天，西乡当时在大隅半岛肝付郡高山闲居，并不知情。二月一日，其弟西乡小兵卫赶来通知抢夺弹药事件，并告知私学校的学生已经开始集结。西乡大惊失色。三日早晨，他赶回了鹿儿岛的寓所，会见了私学校的学生代表，听他们报告事件经过。西乡听完之后，勃然大怒，高声呵斥道：“汝等干了些什么事情！”然而事已至此，西乡决计庇护这些冲动的学生，不能将他们交给政府，听任处置，他说：“那就把我的身体交出去吧！”
导火索：暗杀西乡？！
然而就在这个时候，发生了所谓“西乡暗杀团事件”，这使得原本犯了法的私学校似乎反而有了向政府兴师问罪的道义立场。事情的起因是：根据大久保的指示，大警视川路利良（当时日本警察最高长官）下令派遣警察潜入鹿儿岛。他们的任务除了探察情报之外，尚要挑拨离间私学校成员，让其分裂。一月十一日，警视厅少警部中原尚雄以下二十三名警察（包括五名学生）奉命陆续来到鹿儿岛。中原本人是萨摩藩内伊集院地方的士族，其他潜入者也都是萨摩藩出身，所以潜入非常顺利。不过，时过未久，这些人诡秘的行迹就引起了私学校成员的怀疑，他们以密探对付密探，去摸清这些警察的真实目的。经过私学校干部的商议，被派为密探的是儿玉军治和谷口登太。儿玉、谷口与中原本是旧识，三人在旧藩时代都是藩军兵器队的成员，而且同在一个小队。凑巧的是，儿玉、谷口的旧友田中市左卫门、重久武被警察们派来游说二人。儿玉和谷口将计就计，假意答允，通过二人表示要和中原“重温旧谊”。中原上当了，他在一月三十日找谷口密谈，二月二日又谈了一次。三日，谷口向私学校的干部们提交了报告书，其第一句就是“自中原尚雄处获知暗杀的来龙去脉，报告如下”，其中提到“若暗杀西乡，则学校必至瓦解，若将桐野、篠原两人杀死，则容易制伏（私学校的其他人），尤其是西乡，可以借由同人知己与之会面，当场刺杀之”。
当日，鹿儿岛县一等警部中岛健彦根据谷口的报告，向大山县令报告了此事，并将中原予以拘捕，之后中原的同伴也被陆续逮捕。等待他们的是，惨无人道的拷打。最终在二月五日，中原在有以下内容的口供书上按了手印：“在私学校中使用离间之策，把人们引入我方，瓦解私学校，乘动摇之机暗杀西乡后，速以电报通知东京，陆海军并进攻击，把私学校的人统统杀光。”
这所谓的“西乡暗杀团事件”被认为是私学校所捏造出来的，其发生的日期、情节无一不蹊跷。若中原等真的担负着暗杀西乡的任务，那么西乡在抢劫火药库事件之前并不在鹿儿岛市内，中原等何不去西乡闲居之处暗杀，反而等到西乡回到私学校成员戒备森严的鹿儿岛再谋划动手？暗杀是必须严格保密的，岂有像中原这样四处兜售、拉人入伙的？又何以谷口的报告和逮捕中原恰好都紧接在抢劫军火库之后？——从上面这些情况来看，所谓暗杀事件完全是在私学校高层的授意下被捏造出来的，目的当然是要转移矛盾，获得道义上的借口。
萨军的出战准备
就在中原在口供书上按下手印的当天早上，西乡等来到私学校，在校内的讲堂中召集了篠原国干、桐野利秋、村田新八、西乡小兵卫、边见十郎太、渊边高照、永山休二、别府晋介、池上四郎、私学校在鹿儿岛全县的十八区区长、一百三十七所分校的校长以及鹿儿岛县警察署的部分警官，总计二百多人，商议解决办法。
当时西乡、篠原等人在进入私学校时都带了刀，市内民众为之骚动，道路上四处都是荷枪实弹的私学校学生，气氛已经紧张到了极点。在此气氛下，以别府晋介为首，与会的大部分人都要求“拥立西乡，纠正政府的过失”，带兵前往东京。永山弥一郎则提出先由西乡、桐野、篠原三人上京访问政府，若不成，则再行谋划。村田三介提出护送中原等人上京，作为人证，质问政府。边见十郎太则反对说，这无疑是自投罗网。野村忍介提出率领壮士六百从水路前往小滨（现滋贺县内），经此上京，直接向天皇申诉。最后这些反对意见都被否决，决意组织军队上京。
二月六日，萨军将城山本校改为本营，各分校改为分营，开始募兵，当日募集的人数就超过了三千。同日，在城山本营，高层干部十余人召开了作战会议，制订作战方案。西乡小兵卫提出以精兵二千进击长崎，这必将诱使熊本镇台的部队前往援救，这时本队就可以乘虚攻占熊本。然后将部队一分为二，利用夺取来的舰船，一路进攻大阪，控制神户；一路进攻东京，控制横滨，将战争扩大为全国规模。第二个方案是：不强攻熊本，仅留下若干部队监视，主力向北九州进军，控制福冈、博多、小仓、马关海峡等要点，然后渡过海峡，向大阪进击，煽动四国方面的士族起来暴动，以制压天下。野村忍介还提出了一个三道分进的方案：一路从海路进攻长崎，夺取舰船东上；一路从日向（今宫崎县一带）、丰后（今大分县一带）渡海到四国，纠集当地士族，进攻大阪；另一路攻占熊本，压制北九州，然后东上。池上四郎则提出：全军包围熊本，陷之以制九州，然后徐图中原。此方案得到了桐野、篠原、村田、别府的一致赞同，最终被采纳。
当时，萨军高层普遍存在着骄狂情绪，他们轻视由民众组成的政府军的战斗力，过于迷信西乡的威望，认为他振臂一呼，必将天下响应。他们认为：“西乡大将之威望，赫赫足以制压天下，加之以大山县令的通牒，谁敢遮我？若反之，官军抗我，彼等农商之兵，铁蹄一蹴，可轻易粉碎之。而熊本城一旦陷落，海内反对政府者，九州、四国、东北，到处风动。我军占形胜，进攻退守，无不可施，天下之事，唾手可成。”
二月七日，西乡告知县令大山纲良，自己决心带兵上京。大山说：“也许无须忧虑，然率领许多军队，似难顺利抵达东京。”西乡很有信心：“身膺大将之任，即令率全国之兵，亦天皇陛下所特许，此乃大将权内之事，视时机亦可率领镇台兵。”大山提醒，通过沿途各镇台时，恐遭阻挠。西乡拜托县厅向各县、各镇台发送通知，并且附上中原等人的口供。大山答应照办。
二月十二日，大山在县内发布了西乡将率兵上京的告示，在告示后还附了中原等的口供，总共印发了一万份，在县内各处广为张贴。这进一步引发了民众对西乡的敬慕和对政府的不满，参加萨军者剧增。十三日，大山向太政大臣三条实美、各县以及名古屋镇台发送了西乡等将要上京的通告。同日，萨军在旧练兵场全体集结，编成了七个大队，序列如下：
总指挥 西乡隆盛
参谋长 渊边高照
副官 仁礼景通
第一大队 大队长篠原国干
第二大队 大队长村田新八
第三大队 大队长永山弥一郎
第四大队 大队长桐野利秋
第五大队 大队长池上四郎
第六大队 大队长越山休藏
第七大队 大队长儿玉强之助（开战后，改为贵岛清）
第六第七联合大队长别府晋介
此外，炮兵两队
萨军每大队下有十小队，一小队200人，小队内又分为左右两个半队，每大队又有大小荷驮队（后勤运输部队），这样一个大队的总兵力为2000人左右。萨军的总兵力为：私学校成员约13000人，征募兵为10000人，其他九州各地响应的士族诸队约有7000人，总计约30000人。——这个总兵力是指战争期间内萨军动员总人数。而当日编成的七个大队基本全部是私学校成员，人数总计13000人。此外，萨军共有法式四磅炮二十八门、十二磅炮二门、大小臼炮三十门。
萨军所使用的枪械有恩菲尔德步枪、施奈德步枪、夏普斯骑步枪、斯宾塞步枪等，以恩菲尔德式为主。出发时，萨军共有弹药一百五十万发，在鹿儿岛县的各处工厂中还可以少量生产。
政府的军事准备
二月三日下午，政府方面收到由熊本镇台转发的菅野少佐的报告书，得知了军火库被劫一事。政府立刻派出海军大辅川村纯义和内务少辅林友幸乘坐军舰高尾丸去视察情况，二月九日，两人到达鹿儿岛。本来他们是要和西乡会面的，而且西乡也准备与之会面，但在桐野的强烈反对下，最终未能见面，川村等悻悻而归。双方丧失了最后的斡旋机会。
六日，陆军卿山县有朋向熊本镇台发出了戒备的密令，七日又命令镇台派出一个中队去长崎驻防。十日，在得到三条实美的认可后，山县向近卫步兵第一联队、东京镇台步兵一个大队、山炮兵一个大队、辎重兵一个小队、大阪镇台步兵一个大队、山炮兵一个大队发布了动员令。十三日，伊藤博文和山县去位于堺的天皇行宫召开御前会议，决定出兵征讨。不过当时对于西乡是否参加了暴动尚不清楚，以至于有人提出“可否特颁敕命，令此两人（岛津久光与西乡）镇抚暴徒”。同日，熊本镇台司令官谷干城向镇台小仓分营的第十四联队下令前来增援。十四日，谷干城鉴于情势越来越不乐观，制订了防御计划，并向陆军省请求增援。山县回电：“务必誓死守住熊本城。”十七日，政府又突然打算派出敕使去和平解决，担任敕使的是有栖川宫炽仁亲王。然而十八日，熊本镇台传来急电：“鹿儿岛暴徒之先锋部队已到达本县所辖之佐敷，预计当于20日或21日开战。”政府立即取消了派遣敕使计划，十九日正式下达了征讨命令：
鹿儿岛县暴徒擅携兵器，闯入熊本县境内，不惮国宪，叛迹昭然。予以征讨，特此布告。太政大臣三条实美
炽仁亲王也摇身一变，由敕使变成“征讨总督”，天皇下达了敕旨：“朕任卿以鹿儿岛县逆徒征讨总督，委卿以陆海一切军事并将官以下黜陟赏罚。卿勖勉从事，速将平定之功奏回。”以护卫炽仁亲王的敕使护卫团为基础，政府迅速动员了近卫兵和全国六个镇台的部队，组织征讨军。政府军的序列如下：
总督 有栖川宫炽仁亲王
参军 陆军中将山县有朋、海军中将川村纯义、陆军中将黑田清隆
第一旅团 司令长官陆军少将野津镇雄 参谋长陆军中佐冈本四兵卫
第二旅团 司令长官陆军少将三好重臣 参谋长陆军大佐野津道贯（野津少将之弟）
第三旅团 司令长官陆军少将三浦梧楼 参谋长陆军中佐揖斐章
第四旅团 司令长官陆军少将曾我祐准 参谋长陆军中佐品川氏章
熊本镇台 司令长官陆军少将谷干城 参谋长陆军中佐桦山资纪 参谋副长陆军少佐儿玉源太郎
别动第一旅团 司令长官陆军大佐高岛鞆之助 参谋长陆军中佐冈泽精
别动第二旅团 司令长官陆军少将山田显义 参谋长陆军中佐黑川通轨（后改任别动第四旅团司令长官）
别动第三旅团（后改编为新撰旅团） 司令长官少将兼大警视川路利良 参谋长陆军中佐兼小警视田边良显
别动第四旅团 司令长官陆军大佐黑川通轨 参谋长陆军中佐山治元治
新撰旅团（由别动第三旅团改编） 司令长官陆军少将东伏见宫彰仁亲王 参谋长陆军中佐长坂昭德
以上总计动员步兵五十五个大队、炮兵六个大队、工兵一个大队、另有辎重兵、骑兵及其他部队，计五万八千八百五十八人。另外，海军出动了十九艘军舰，兵员二千二百八十人。这里需要说明的是，在当时的日本陆军中，联队是最大的作战单位，旅团只是临时编制的，而以上序列中只有第一、第二旅团是最初编制的，其他旅团都是根据战局的变化，逐渐编制的。此外，有大量警察被编入或者补充到了各部队中，在此不单列出。
三、从熊本到田原坂
萨军出兵
将目光转回鹿儿岛。十三日完成编成的萨军，于十四日开始出发，先头部队是别府晋介的第六第七联合大队。恰逢五十年少有的大雪，萨军踏雪北进，印象令人极为深刻。加入第一大队的种子岛士族河东祐五郎在《丁丑弹雨日记》中回忆当时的情景：
“二月十四日。各乡兵员悉数集结，以出发即在眼前，在旧御殿下结合，于兹编制队伍。午前七时，出寮至广场。连日大雪，积雪至一尺有余，压屋折树，满目皑皑银世界。各队兵集结而来，满场忽然充满了军队。……同乡者似乎只有五人。而传来明晓出发的命令，在私学校本营各领取了弹药八十发。……
二月十五日。五人同时结束与住在学寮的我乡同僚诸君的告别，出营。……各所兵员既已集结终了，即传来整顿队列的命令。各兵闻之，按次序排齐队列。自西至东，正如筑起了几重黑墙。时时听到集结的喇叭声。
我队长号令道：‘注意！’又道：‘前进！’队伍乃徐徐开始运动……”
从十四日起至十七日，萨军陆续出发。十四日，第六第七联合大队从加治木出发，经横川、大口、佐敷、日奈久，于二月十九日到达熊本以南约八公里的川尻。十五日出发的第一大队取道西目街道，第二大队取道大口街道，经伊集院、市来凑、川内、出水、日奈久，于二十一日到达川尻。十六日出发的第三大队取道西目街道，经佐敷，于二十一日到达松桥；而第四大队取道大口街道，二十日到达小川。十七日出发的第五大队自西目街道，二十一日傍晚到达松桥；西乡本人也于十七日启程，同行的有桐野利秋、村田等本营幕僚和炮兵，他们于二十一日到达川尻，并将本营安扎在那里。
萨军的队伍看上去五花八门。西乡本人身着陆军大将便服，桐野以下曾在近卫兵和镇台奉职过的，身着旧军装。此外，在警视厅任过职的则穿着巡查警服，还有穿海军装的、旧式和服的。村田新八因为从海外考察回来，因而穿的如英国绅士：燕尾服、绅士帽。由于服装不统一，给识别带来了很大困难。因而萨军将校在右臂缠绕写有所属队号的白布，右手持红色队旗，腰间配刀；一般士兵则在右腕处缝制白色腕章；被称为党萨诸队的各地响应士族则左右腕都有腕章，以示区别。
(萨军士官的服装图)
各地士族的响应
萨军的起兵，使得全国各地的不平士族为之雀跃。尤其是在士族势力最强的九州和四国，所谓的党萨诸队四处蜂起。其中主要有：
熊本队、协同队、龙口队，这三支都是熊本方面的士族，人数约二千五百人，是诸队中最大的。其头目为池边吉十郎、平川惟一、中津大四郎。
人吉队，旧人吉藩士族组成，约一百五十人，头目为那须拙速。
飫肥队，旧飫肥藩士族组成，约八百人，头目为伊东直记、川崎新五郎。
佐土原队，旧佐土原藩士族组成，约四百人。佐土原是萨摩藩的分支，担任这支队伍首领的是旧佐土原藩主岛津忠宽的二男岛津启二郎（也称町田启二郎）。
延冈队，旧延冈藩士族组成，约一千人，头目为藁谷英孝。
高锅队，旧高锅藩士族组成，约一千一百人，头目为武藤东四郎。
中津队，中津地方的士族组成，约一百五十人，头目为增田宗太郎。
此外，在爱媛、冈山、鸟取、彦根、青森、秋田等各地也有士族响应，不过很快为政府所扑灭，这里就不一一列出了。虽然党萨诸队的武器、训练都较萨军逊色，不过在煽动地方、造成恐慌和担任向导上，还是很有用处的，各处涌现的诸队，也极大地壮大了萨军的声势，牵制了政府的注意力。
熊本城攻防战
二月十五日，在萨军前锋出发后，大山县令以西乡的名义给熊本镇台发了一份通告，内容如下：
本人今向政府质问，后天十七日，从县下启程。陆军少将桐野利秋、篠原国干及旧兵队者随行。经过贵镇台时，汝部应整肃队列，接受指挥。特此照会。 陆军大将西乡隆盛
时任镇台司令长官谷干城是在明治九年的神风连之乱后，替代乱中被杀死的前任司令的，他一直决心抗战，对西乡的通告只是报之一笑。他分析形势，认为在去年的神风连之乱中有很多官兵被杀，镇台兵的士气一直低迷不振，而且兵力相差悬殊，“于平原广野防御殊死之凶贼，固难期胜算。一旦迎战失败，士气沮丧，而大长敌势。以沮丧之兵，再开始谋划守城，遂难期坚守”。因此他决定收缩兵力，依托熊本城的地势死守，等待援兵的到来。于是，他派出哨兵警戒周边，夜间禁止一切人等通行，并开始埋设地雷，修建栅栏和工事，砍伐影响射界的树木。此外，还派出密探潜入鹿儿岛县境内侦察。——第一个报告萨军进入熊本县境内的，即是熊本镇台的医生鸟丸一郎。不过，在十九日熊本城突然失火，烧毁了城堡的大部分建筑，所幸弹药武器未被烧毁，具体原因不明，怀疑是支持萨军者的破坏。
当时在熊本城内的政府军序列为（二月十九日临战前）：
司令长官 陆军少将谷干城 参谋长 中佐桦山资纪 参谋 少佐儿玉源太郎
本营各部队 146人
第十三联队长 陆军中佐与仓知实
第十三联队 1904人
第十四联队第一大队左半队 331名
炮兵第六大队 230人
预备炮兵第三大队 98人
工兵第六小队 106人
以上共计2815人。二十日又有从神户增援来的警视队600人，其中200人进入城内。此外，还有民夫、家属等非战斗人员约1700人。一般步兵所使用的是新式施奈德步枪，火炮共有二十六门，其中野炮四门、山炮十三门、臼炮七门，具体口径不明。
二十日前后，萨军陆续到达川尻，先头部队与镇台方面的巡逻兵四、五十人发生了接触，政府军被杀死数人。为了鼓舞士气，政府军方面决定乘夜发动偷袭，去偷袭川尻的萨军营地。二十一日凌晨一点，隈冈、小岛两上尉带领两个中队出击。为了焚毁萨军的营地，政府军还特地携带了有关器材。然而镇台方面误放了两炮，炮声惊动了萨军，他们很快发现了奇袭部队，一番交火之后，政府军见意图已经暴露，撤回了城内。
萨军的干部认为，既然政府军首先首先挑起战斗，那么“其曲在彼”，萨军获得了开战的理由。二十一日午前七时，萨军穿过坪井通町，攻击千叶城。政府军将散在四周负责监视的小股部队撤回到千叶城—下马桥—洗马桥一线，沿着洗马川加强防守，在撤退途中还放火阻碍萨军的行动。同日下午，西乡和本营幕僚到达川尻，召开作战会议。席间有人提出留下少量部队监视，大军绕开熊本继续前进。然而肥后当地士族的加入，使得萨军大部分干部信心十足，认为有熟悉地形的当地人协助，短时间内攻克熊本不成问题。于是，会上决定了以肥后士族从城北突入，萨军从段山、新屋敷两个方向夹击的三面合击的战术。其中，正面部队为佯攻，一队向千叶城方向，一队自下马桥、山崎、洗马桥方向，攻击城东。迂回部队为主攻，一队攻击段山，一队从新堀方向，攻击出京町、出町，侧击城西。为了实现该作战，其部署为：
正面佯攻部队 第三大队、第四大队、第五大队
迂回主攻部队 第一大队、第二大队、第六第七联合大队
二十二日凌晨二时，萨军的最后一个大队——第五大队到达川尻，尽管官兵们十分疲惫，但未等其休整，还是与其他大队一起投入了战斗。第五大队在大队长池上四郎的带领下，投入1700人，分三路从安己桥、明午桥和子饲附近渡过白川，然后前进到上林町、北新坪井町、内坪井町、京町、锦山神社一带，与守军交战。第四大队投入800人，在桐野利秋的亲自率领下，从下马桥发动攻击。第六第七联合大队的320人，经明午桥，攻击县厅所在的古城，然后向法华坂进攻。而第一大队的1500人、第二大队的600人以及别府晋介统帅的4800人全力攻击段山。萨军当日总共投入了9700人之多。
当日，最激烈的战斗爆发在段山一线。萨军在此投入了6900人，占攻击部队的七成。而政府军方面则以第十三联队长与仓知实中佐亲自指挥此处的战斗。双方之所以如此重视此处，是因为段山是熊本城西面的制高点，在上面可以俯瞰整个熊本城。战斗从早六时开始，进行得十分激烈，七时左右，第十三联队长与仓中佐在藤崎神社附近中弹(二十三日凌晨一点伤重而亡),几乎同时镇台参谋长桦山资纪中佐也被打伤。经过一番激战，萨军于十时攻占了段山。在东线，早六时，萨军开始攻击下马桥的炮台，据守在饭田丸、千叶城的炮兵开火还击，岳丸内的步兵也随后开火。七时二十分，萨军又以纵队自安己桥进攻千叶城。在南面，九时二十分，一队萨军从下岛桥逼近古城和法华坂，守军在正面抵挡，县厅的守军则对其侧击，将其击退。但之后萨军的攻势就不顺利，在藤崎神社、片山邸、法华坂一带反复拉锯，无法前进，在其他等处进展同样也不大。不过萨军准确的狙击给政府军造成了很大杀伤。
萨军的关键弱点是火炮不足。少量的火炮又布置在较远的花冈山上，虽然可以俯瞰战场，但由于距离太远，导致命中精度不足，修正困难，不能有力的支援前沿步兵的作战，因而很难撼动占据有利地形的守备之敌。而政府军则依靠有利地形、坚固工事和大炮的火力，给予萨军以很大压力。河东祐五郎在《丁丑弹雨日记》中就说：“我军没有大炮，攻城甚为无力。”
当日晚，萨军暂停了进攻，在本营中召开作战会议，检讨白天的作战。西乡小兵卫、野村忍介反对继续强攻熊本，小兵卫还重提奇袭长崎的计划。然而篠原和桐野仍然坚持强攻，理由很简单：萨军缺乏武器弹药，而只有夺得镇台才可以获得大量战利品。
因此，二十三日萨军继续全力进攻。凌晨一点，战斗在片山邸一带打响。三点，篠原大队的一队人马逼近法华坂，遭到小笠原邸和古城的守兵的夹击而被击退。政府军方面，今桥少尉带领他的小队，向日向崎村反冲击，连拔村内数个堡垒，在天明后主动撤出。四时，又有一队萨军从盐野町向县厅逼近，被击退。七时，花冈山的萨军炮兵开始集中火力轰击县厅。在其支援下，萨军第三大队坂本小队从高丽门进攻，成功突入县厅的一角，同大队的边见小队从迎町方向前来支援。守军拼死抵抗，藤崎台和饭田丸的炮兵也对萨军炮兵阵地进行了压制，这样才挫败了萨军的攻势。拂晓时分，第五大队长崎、石桥两个小队自千反田急袭千叶城，与守军展开激战，被击退。十三时又一次发动进攻，再次被击退。锦岛神社方向的第五大队河野小队、第二大队中岛小队对埋门方向发动进攻，被击退。十三时三十分，政府军板垣少尉以下三十六人向坪井方向出击，夺得了若干粮食而归。夜，萨军又去进攻千叶城，为守军的奋战所挫败。而在段山附近，战斗进行了一整日，守军依托片山邸坚固的胸墙，使萨军一无所获。
二十三日的进攻持续了整整一日，却毫无效果。西乡小兵卫和野村忍介再一次提出中止强攻，仍然遭到否决。二十四日，围攻战依旧进行。凌晨三时，高田原、洗马桥和山崎的萨军一起向县厅发动进攻，仍然无功而返。早八时，萨军炮兵对守军展开轰击。守备漆田的小林小队，在安藤少尉试补的指挥下，派出十五人出击，攻击段山的侧面，在经过短暂交战后，出击部队撤回。十六时，段山的萨军逼近片山邸，同时东线的萨军还进攻了千叶城，然而最终仍以失败告终。在这天中，双方炮兵反复进行压制和反压制的游戏，终日炮声隆隆不断。
二十四日夜，在萨军的作战会议上，又提出了继续强攻还是中止的问题。篠原一力主张继续强攻，他认为熊本是一座孤城，目前是攻占的最好时机，一旦占领熊本，则能造成极大震动，使国内形势倒向萨军一边。因此，即使全军伤亡过半，也要攻克熊本。而以西乡小兵卫为首的部分人则以为在此坚城之下，徒然消耗兵力，非常不值得。目前应以主力北上，在政府大军来援之前，尽可能的攻略北九州，然后在有利于已的预设阵地上与之决战。至于熊本，迟早有弹尽粮绝的一天（当时熊本城的粮食大约可以支持一个月），目前只需派部分部队加以围困即可。接连三天强攻的失败，使萨军首脑清醒了不少，而且本州方面政府军的援兵日渐逼近，从时间上来说，也不允许再在熊本城下浪费时间了，所以这个方案最终获得了认可。然而还是有人对攻陷熊本不死心，提出以去年的神风连残党为向导，利用他们曾经突入镇台的经验，发动一次全军夜袭。这个方案遭到熊本队首领池边吉十郎的强烈反对，认为将神风连去年的经验生搬硬套到目前的攻城战中，完全是刻舟求剑。此事不了了之。
之后萨军调整了部署，主力开始向北移动。第四大队向山鹿方面进发，第一大队向田原坂方面进发，第二大队以及第六第七联合大队向木留进发，第三大队则负责守备海岸线。留下围城的部队由第五大队长池上四郎指挥，兵力为第二、三、四、五、七大队的一部以及协同队等，总计十六个小队，总数约三千人。
植木、木叶之战
植木和木叶之战实际与熊本攻防战同时发生，爆发在熊本的外围，是部分先期北上的萨军警戒部队与前来增援的第十四联队的遭遇战。在这里，有必要说明一下第十四联队在熊本攻防战前的行动：
二月十三日，联队收到镇台的增援命令。十四日，先头的联队第一大队左半队从小仓出发。十七日下午四时从久留米出发，夜十一时达到福冈电信局，得知萨军已进入熊本县境内。十九日，联队长代理（原文为“联队长心得”）陆军少佐乃木希典从福冈出发，前往久留米，当日第一大队左半队进入了熊本城。二十日，乃木少佐制订了取道兼松、在熊本城北与之相呼应的方针。二十一日，乃木少佐从久留米出发，夜里到达南关。津下少佐率领的右半大队向山鹿，吉松少佐、青山上尉率领的一部向高濑进发。
二十二日早六时，乃木少佐从南关出发，在高濑稍事休息后，下午一时向植木前进。到达木叶时，乃木在木叶车站外与联队的第三大队、第四中队汇合，得知了熊本被围攻的消息，于是改变了原先的计划，决定取道高濑，全军进入熊本城助防。然后继续南进，前进到了植木。另一方面，萨军也得知了政府军南下的消息，派出第五大队第二小队（小队长村田三介）和第四大队第九小队（小队长伊东直二），前往植木以南的向坂阻击。乃木少佐派出小部队侦察，得知萨军向大漥退却（估计这是萨军的小股侦察部队），他命令全军南进至向坂，在此构筑阵地，展开散兵线待敌。其中第四中队为本道右侧的第一线，第一中队的一小队为第二线，第一中队的另一小队为左侧第一线，第二中队的两个小队也部署在道路右侧。
政府军展开散兵线时，已经是傍晚六时，乃木在日记中说当时“夕晖已没，狗吠远传，四边萧然”。政府军在黑暗中等待着萨军的攻击，然而没有想到是萨军为了节省弹药，乘着黑夜悄悄摸近，打算以白刃战解决问题。政府军先发现了萨军的动向，开始射击，萨军佯装退却，却将精锐的拔刀队埋伏在道路两侧。追击的政府军遭到拔刀队的突然攻击，狼狈退却。随着战斗的展开，行军中掉队的士兵也陆续加入战斗，向萨军拼命射击。然而萨军的左右两翼已经迂回到政府军的侧后，对其进行侧射。见战局不利，乃木决定撤退，他下令烧毁弹药物资，然后后撤到千本樱一线。当时，他给了河原林雄太少尉十余名士兵，让他负责守护联队旗。然而在混乱的后卫战中，河原林少尉却被萨军杀死，第十四联队的队旗也落入萨军手中。此战以萨军的胜利告终。
此战萨军投入两个小队约400人，政府军则为五个小队约500人。虽然双方的伤亡均不大，政府军死三人，伤二十六人；萨军死三人，伤数人。然而政府军焚毁物资，狼狈退却，还被夺走了联队旗，无疑是很丢人的败仗。萨军的胜利对在攻城战中沮丧下去的士气也是一个鼓舞，他们还特地将夺来的第十四联队旗挂在阵前，耀武扬威。
植木之战的当天，政府军的第一、第二旅团到达了福冈，然后急速南进。而萨军也将北面的部队增加到六个小队，一路从本道，另一路从山鹿口，向高濑进击。二十三日，双方在木叶爆发了战斗。萨军的兵力为六个小队1200人，第十四联队也投入了1200人。这一战仍以乃木少佐的失败而告终。乃木将主力放在木叶川沿岸与萨军的神宫寺队对峙，然而没有想到萨军从木叶山一线迂回了过来，横扫第十四联队的侧后。政府军被击溃，各部完全丧失了指挥，溃不成军，四散奔逃。乃木本人也差点陷入萨军的包围中，亏得运气好，才得以脱身。《西南记传》中这样记载：
“萨军数百人早已自木叶山迂回，以掩杀稻佐背面，辎重搬运的役夫，惊惶狼狈，弃车而走，官军亦崩溃。正面之萨军，乘势乱进，其状如洪水决口，绝难抵挡。乃木少佐欲将溃兵集结于后卫线，急驱就其地，偶有萨军处稻佐之歧路，加以狙击。坂谷伍长率兵卒两名，进战而死。时正黄昏，冻雨扑衣，硝烟塞面，咫尺之间，不辨敌我。两军混斗，白兵相逼，乃至赤手相博。真是一副活修罗场，其惨其凄，难以名状。
官军久苦战之，乃木少佐以其马既疲，换其吉松少佐之马。偶中弹丸，苦嘶奔逸，将陷敌中。未几，马毙，少佐坠地。萨军挥铳迫之。大桥伍长以身翼蔽少佐，因而陷入重围之中，白刃乱下。摺泽少尉亦鼓勇返战，遂中数弹。少佐得间走，与一队共涉木叶川，得以到达寺田山。
官军败战又败战，未遑整顿队伍，而萨军尾击又急。依功力上尉、中山中尉等收拾溃兵数十，阻击稻佐之萨军。”
这时，萨军距离高濑只有四、五公里，而且十四联队已经放弃高濑一线，撤往临近福冈县的南关休整。这本来是一个好机会，若萨军能前进至高濑，沿菊池川布置防线，那么可以给赶来的政府军主力以更大麻烦。然而奇怪的是，萨军本营这时却命令退守植木。——据说这是传令兵的误传，并非本营的本意。
这一战政府军的具体伤亡并无准确数字，乃木在当天的日记中也只是说：“本日大战，吉松（少佐）战死。”大概是败得太惨，有意回避。
高濑之战
二十四日，十四联队在南关休整，政府军的第一、第二旅团正加紧南进，而萨军中的熊本队探知政府的大队援军正在南下，向本营报告，这引起了本营的高度重视。他们决定在高濑—吉次垰一带布置防线，阻击政府军。吉次垰地形险要，是南进熊本的必经之道，由于西南战争中在此爆发了激烈战斗，因而又被称为“地狱垰”。当时加入熊本队第一小队的佐佐友房在《战袍日记》中讲到：“顾吉次垰为西山咽喉要，取则胜，失则败。兵家所谓必争之地者也。如往昔山崎之役之天王山，殆是欤。”
萨军的计划是首先占领吉次，以此为前进阵地，二十四日推进到菊池川南岸的伊仓，二十五日渡河进入高濑。然而没有想到的是，政府军于二十五日拂晓抢先进入了高濑，并在河岸构筑了胸墙。下午四时，双方爆发了战斗。萨军的三个小队从上游发动攻击，而佐佐所在的熊本队则从繁根木八幡附近渡河，进逼岩崎原、迫间原，攻击当面的政府军。战斗没有进行多久，就因为夜幕降临而暂停。夜间，萨军放弃岩崎原、迫间原的阵地，退回伊仓。当日，政府军战死3人，伤2人；萨军的伤亡不明。
次日，战斗首先在山鹿一带爆发。这是由于第一、第二旅团相继进入熊本县境内的南关，其一部向山鹿进发，剩余部队分为两个集团，第一集团由乃木少佐指挥，第二集团由长谷川少佐指挥，分别向植木和高濑方向进军。而相对的，萨军投入了在菊池川正面的越山休藏指挥的三个小队、熊本队的佐佐、深野、杉野诸队。此外，儿玉强之介率领的三个小队在寺田自立山之间布阵。而萨军的主力则开始在大漥附近集结。
乃木少佐的第一集团于凌晨四时开始行动，长谷川少佐的第二集团则于五时三十分开始出动。他们渡过菊池川，第一集团在白石、川部田间展开，与越山休藏的三个小队相对峙；第二集团则在稻佐西面的平原上与熊本诸队相对。正午时分，第二旅团下属的近卫步兵第一联队加入了左翼的第一集团。越山的三个小队不支，向植木撤退。政府军吹着喇叭追击，津森、高井两中队甚至追到田原坂一带。在右翼，熊本队也在长谷川少佐的第二集团的压迫下，放弃阵地，逃往田原坂。然而下午三时，第二旅团司令长官三好重臣少将意外地命令撤退，这让好不容易才尝到胜利滋味的第十四联队官兵十分不满，三好少将屡下严令，并且许诺明日由十四联队担任先锋，这才使得十四联队后撤。
当日的战斗中，十四联队死49人，伤55人，失踪2人；近卫第一联队死伤共计14人；第一旅团死1人，伤5人。获胜的也并不轻松。
那么三好少将为何要在形势有利的情况下下令撤退呢？这大概是由于当日早晨四时三十分山县有朋发来的一份电报。其中提到，风闻萨军进入山鹿，而从山鹿有小路可以到达久留米，因而要求三好少将严加防守，尤其要提防萨军的夜袭。
萨军对二十六日的战斗十分不满，因而决心在二十七日大举进攻，一举攻占高濑。为此，共投入了第一大队、第二大队、第四大队和第六第七联合大队的十四个小队，约二千八百人。分为三个集群：右翼为桐野利秋率领的三个小队，自山鹿沿菊池川南下，攻击高濑的侧后；中央突破队为篠原国干和别府晋介的六个小队，从木叶方面攻击迫间原、川部田的政府军；左翼为村田新八的五个小队，从伊仓出发，经原仓后再分为两路，一路从菊池川下游的小滨向岩崎原进发，另一路则从永德寺、向津留从南面进攻高濑。《西南战史》评论道：“廿七日高濑之战，萨军三路名将，各尽其精锐，一举决雌雄。”
政府军侦察队探知了萨军的动向，于是根据情报，政府军向迫间派出了两个中队，以一个中队守备迫间村，在其右翼则是近卫步兵一个中队，以侧击萨军。不知就里的萨军落入了政府军精心安排的陷阱中，在渡河时遭到猛烈侧击，顿时陷入混乱，只能士兵们寻找遮蔽，自行还击。而政府军发动了几次反冲击，也被萨军击破。战斗进行的非常激烈，《战袍日记》记载道：“次日，敌军（政府军）亦善战。两军呐喊之声与炮声混杂，震天动地，硝烟弥漫，遮盖天空，日色为之黯淡。”战斗进行到下午，形势逐渐对政府军不利。此时第一旅团的野津少将从南关赶来，他以山炮一门加强第十四联队，第十四联队乘势从青木村的山上发动进攻，与第二大队三中队和第三大队一中队从三个方面一起突击，第二旅团也派出一队绕至萨军左侧，截断了其退路。萨军慌乱之中，丢弃武器物资，放火烧毁民居，夺船而走。至六时，萨军全线撤退，高濑之战终以萨军的失败而告终。而西乡小兵卫在当日的战斗中阵亡，对萨军来说无疑是一个沉重打击。不过，政府军也为此付出了相当的代价，当日伤亡人数在百人以上，三好少将也被打伤。
高濑之战的意义在于它扭转了整个战局的攻守态势。尽管萨军之前对熊本的攻击未能取得效果，但在高濑之战前，萨军始终保持着攻势。而高濑之战后，由于政府军的陆续到达，萨军转而采取守势，从此一守再守，再也未能扭转被动防御的态势，直至失败。然而，此时的政府军距离全面胜利尚远，在前面等待他们的就是田原坂的血战。
炼狱：田原坂
逆水行舟，不进则退。萨军在高濑一战失利后，退守到田原坂、伊仓、山鹿一线，将进攻权让给了政府军。而政府军也稍事休整，并没有急于发动进攻。就这样，二月底和三月初的几天，就在相对平静中渡过。三月二日，野津少将（因为三好少将负伤，因而两个旅团都暂时由他指挥）决定“将高濑屯在的第一、第二旅团分为本支两道，明日大举进击”。
三月三日，风雨交加。政府军一路从木叶向境木方向开进，另一路则进攻立岩、原仓，威胁吉次垰方面萨军的前沿。早十时，由第二旅团参谋长野津道贯大佐指挥的两个中队，开始进攻立岩。而在立岩驻守的是篠原国干的第一大队的四个小队。萨军依托有利地形顽强抵抗，野津又派出别动队攻击萨军的右翼，仍然无法撼动萨军。午后三时，政府军重新编组为三队，从不同方向展开突击，终于攻破了萨军的左翼。为此，村田、篠原、别府诸队各派出一个小队前往支援。河东祐五郎也参加了当日的战斗，他在《丁丑弹雨日记》回忆道：
“午后一时左右，敌冒我如雨发射之枪弹，遂攻登山顶，射击如豆。我兵亦努力进行以期必死之防战，迂回至密集部队之侧面，猛烈突击。敌不能支其猛烈，遂提枪遗走。我兵见之，扬声哄笑。逃敌在此必死之场合，枪亦丢弃，不得携负伤者而走。沟中湛满鲜血，田中死尸横列。山树弹痕满目，有如蜂巢，地上遗留弹夹成堆。如此激烈之战争，以至遗弃死尸，触目悲惨，所未见也，实堪感慨。”
四日，政府军的部署为：一部从正面逼近田原坂，另一队从右翼迂回，攻击萨军的左翼。其中以第一旅团的一部为正面部队，第一旅团的余部再分为两路，一路作为右翼，向二俣压迫萨军的左翼；另一路作为左翼，自境木前进，冲击萨军的右翼。此外，另有两队作为预备队，随时准备支援。担任正面攻击的是十四联队的第二、第三大队，由于乃木少佐负伤，因此由青山朗上尉指挥。
正面攻击从早六时开始，在田原坂前沿堡垒中的萨军，一枪未放就向后溃逃。兴奋的政府军紧追不舍，然而刚刚越过山棱线，政府军就完全沐浴在萨军齐射的弹雨之下。《西南记传》中描述：“第一旅团本队先进，陷萨军之第一垒，直陟坂道。萨军居高临下，猛射如雹，官军进必伤，退则死，无复一人完肤。”政府军陷入苦战。
吉次垰方向的战斗，即所谓政府军之右翼，继续由野津道贯大佐指挥，兵力增加为两个半大队，激烈程度更甚前日。佐佐友房在《战袍日记》中讲到：“自是本道战斗最剧，互据巨石为胸墙，互相射击。距离不过一町乃是二町（一町等于109米）。铁炮声不断，山鸣谷吼，乾坤为之撼动。……后二日，巡检敌兵所据之地，到处血痕斑斓。又可装弹药五百发之空盒，在路旁有百数十个。由之概算，敌兵一昼中所费多至五万发。而我军所费盖不过五、六千发。”在当日，萨军遭到了重大损失，第一大队长、前陆军少将篠原国干战死。具体情况为：下午一时左右，在吉次垰指挥战斗的篠原，被对面的同乡江田少佐所发现，他指示部下狙击篠原，将其击毙。而江田少佐也在同日被击毙。根据《西南记传》，当日在吉次垰，“官军死者五十二名，伤者一百六十五人。江田少佐、大迫上尉、外崎中尉、上野山、矢野两少尉战死、彦坂上尉以下士官十一名负伤。萨军死者篠原国干以下四十名，伤者亦不少。”
午后三时，突然下起雷雨，双方的射击稀疏了下来。临阵指挥的野津少将下令全军猛攻，山间到处是政府军进攻的喇叭声。为了支援步兵冲击，政府军将甚至将山炮推进到距离萨军阵地只有二百五十米的地方直瞄射击。然而萨军依托坚固的工事和有利地形，毫不退让，猛烈还击，有数次甚至差点击中了前敌指挥的野津少将。政府军的猛烈攻击完全没有效果，战况陷入胶着。此日，政府军阵亡111人。
五日，依旧阴雨连绵，依旧激战整日。萨军第四大队第五小队长永山休二决心夺取政府军的大炮，因而与防守炮兵阵地的、同样由士族组成的近卫步兵发生了白刃战。在战斗中，第一大队第六小队半队长儿玉十郎被近卫第一联队第四中队击毙。萨军的进攻失利。由于激烈的战斗，双方都有大量减员。征讨总督炽仁亲王下令：“允许士官、下士官于现地便宜补充。”同日，政府军方面又有大阪镇台第九联队的七个中队来援。
六日，政府军从三个方向同时突击田原坂的萨军阵地，但仍无进展。同时，由于在作战中精于白刃战的萨军拔刀队给予政府军以很大杀伤，政府军还特别从各大队中选拔了善于狙击的官兵三十五名，组织了一支狙击队，由吉利用通上尉担任队长，分为三个小队，在前沿狙击有白刃战倾向的萨军。
七日，由于后续部队陆续到达，政府军的第一、第二旅团又开始一起攻击二俣和田原本道方面。是日，萨军屡屡以拔刀队攻击政府军前沿，政府军方面的狙击队也发挥了威力。然而狙击第一小队的谏早上尉却因为贪功冒进，陷入萨军的包围战死。是日，政府军阵亡161人。当日，萨军的炮兵没有发射一发炮弹，政府军以火炮三门轰击二俣的萨军，萨军也没有还击，因此政府军判断萨军的弹药已经不足。
八日、九日，战局仍旧僵持。十日，双方休战一日。十一日，自拂晓开始，政府军从横平山、二俣田原和田原坂三面发动攻击，“诸队乃齐进，共向贼垒。炮兵在其后频频向贼垒猛烈射击，以助战势。然贼亦善据，死守不动。两军枪炮响如百雷，撼动山岳。”当日，吉利上尉的狙击队也大为活跃，但同时也遭受了惨重伤亡。到当日，已有多田中尉以下五人战死，吉利上尉以下六人负伤，组建仅五天的狙击队已经损失了三分之一。
十二日、十三日，战斗仍在继续，依旧激烈，而战线仍然不动。战斗的激烈程度从第一、第二旅团消耗的施奈德步枪子弹中就可以看出：休战的十日消耗了61000发，十一日消耗了198100发，十二日为253000发，而十三日仅在二俣口方面就消耗了40000发。十三日另外值得一提的是，政府军方面新到了警察三百名，从中选拔出一百名剑术优异的，组成了政府军方面的拔刀队，用来对抗横行战场的萨军拔刀队。
十四日，新组建的政府军拔刀队大为活跃。当日，以拔刀队和两个中队作为突击二俣口方面萨军阵地的先锋。以拔刀队居中，两中队为左右两翼，突入了萨军阵地。当日的战斗由《从征日记》可见：
“分为战列队、攻击队、应援队，拔刀队亦分为三队，自左右、中央拔敌垒，战列队进而据之。当日采用了这样的战术。
以如上部署，自拂晓进击。贼不料官军突入，狼狈舍垒而走。因此停止炮击，上刺刀呐喊追击。
拔刀队与镇台兵共挥刀而进，遂攻略萨军之三个堡垒。萨军舍弃战死者而逃，或与田原坂之友军汇合射击在坂道上的官军。其势猛烈，官军不能追，转而进行炮战。至午后，萨军攻势转盛，官军弃所占领之垒而退却。……
萨军拔刀队屡屡困扰官军。此日，官军拔刀队所以击败萨军者，乃是拔刀队战力平等，官军兵多而有利。”
在拔刀队中，也有不少东北各藩的旧藩士，在戊辰战争中，他们被击败，并被目为维新的敌人，因而他们对萨摩的仇恨由来已久。在报名参加者中，不少就是抱着复仇心态参加的。据说“有会津藩士某，挺身奋斗，斩贼十三人。其斗时，大声喝道‘戊辰的复仇、戊辰的复仇’”。新仇旧恨，使得双方拔刀队之间的战斗格外的严酷。这一天，政府军战死181人。
十五日，政府军展开对横平山的争夺。按照前一夜的会议结果，投入兵力如下：
进击队 步兵三个中队 指挥官 迫田上尉
应援队 步兵三个中队 指挥官 吉田上尉（拔刀队也归属应援队）
预备队 步兵四个中队
十五日清晨，恰逢大雾，咫尺莫辨。政府军的原定计划是五时集结，六时发动攻击，然而萨军却先摸了上来。有关萨军兵力的说法不一，有拔刀队三百人的说法，也有“壮士”四十名的说法，还有一种说法是：从各队选拔了四十人，配备以斯宾赛步枪，由第四大队第五小队半队长河野喜八率领。萨军从四时开始行动，后来还有部分援军加入，清晨时分已经摸到了横平山的政府军堡垒附近。突然一起呐喊突入，政府军措手不及，狼狈逃窜，阵地落入萨军手中。
野津大佐获知横平山的阵地丢失，即命令近卫步兵一个中队前去支援，为此更改了先前的计划，将兵力集中到了横平山一带。然而横平山的地形易守难攻，山腰间树木很少，缺乏可以遮蔽的物体，稍微一抬头起身，就会被击中。政府军不顾伤亡，反复进攻，终于逐渐将萨军击退。下午一时，政府军夺回了两个堡垒。而萨军仍然在山顶坚守，并增派了兵力。政府军也集中了兵力，派出拔刀队五十人从小路匍匐前进，靠近至萨军阵地七、八十米处。然后四处一起喊杀冲上，在付出重大代价后，终于在下午四点夺回了全部阵地。按照《西南记传》的说法：“此战萨军死七十余名，伤一百三十名。官军战死者无虑九百名以上，如所谓拔刀队，五十名中死者十二，伤者三十六，精锐殆尽。”所谓政府军战死900人以上，太过夸大，根据事后的统计，当日政府军战死了254人，创下了日阵亡人数的第二高记录。前面所提到的狙击队，在此战后因为全员或死或伤而自动解体。——此日战斗的激烈程度，由此可见一斑。
同日，在田原、七木方面也爆发了激战。当夜，萨军又袭击了二俣方面，由贵岛清率领新到的一部萨军，以拔刀战的方式突入。遭到攻击的是大阪镇台第八联队的一个中队，由于同样是新到的，对萨军的拔刀队战法十分不适应，因此陷入一篇混乱，甚至出现了误杀友军，或者逃跑时慌不择道，从沟中跳下，被同队的枪刺刺死的情况。幸而近卫步兵赶到援助，才稳定住了战线。
十六日至十八日，战斗又陷入僵局。十八日夜，政府军召开作战会议，决定十九日停止攻击，重整部队，然后在二十日发动总攻击，以期一举突破萨军的田原坂防线。其部署为：首先在吉次垰一带发动佯攻，以吸引萨军的注意力，再以主力大胆潜入到二俣口的萨军阵地前，不顾左右两侧的萨军阵地，直线发动突击。之所以将主攻方向定在二俣口一带，是因为此处距离植木的直线距离最短，一旦突破，就可以前进到植木，进而威胁萨军围攻熊本的态势。当日，政府军投入的总兵力大约为六千人，用来二俣口突击的前锋部队为拔刀队和步兵六个中队，以三发号炮为令，开始总攻击。
从十九日下午开始，政府军开始攻击吉次垰一带。而突击部队则在凌晨五点集合，六点进发，乘着天色未明，由二俣口的溪谷间悄悄接近萨军阵地。号炮一响，突击部队即奋勇冲击，首先在右翼形成突破，攻占了萨军第一线的堡垒。政府军炮兵以六门火炮支援此处，向纵深的萨军阵地猛烈开火。由于政府军的攻击毫无前兆，而且萨军也没有发现摸近的突击部队，因而萨军在遭到攻击后，仓惶失措，还击也十分凌乱，很快就被政府军压制。阵地上满是萨军的尸体，壕沟中积留的雨水也被鲜血染红。然而在左翼，在萨军的顽强抵抗下，政府军进展的并不顺利。于是野津大佐命令担任后军指挥的山根上尉率第十四联队的一个中队前去增援，经过苦战，也终于驱逐了当面萨军。
突破了二俣口萨军阵地的政府军，踏着萨军的尸体前进，此外还派出一队迂回到田原坂山顶萨军的侧后。在此处防守的萨军见状大惊，丢弃了辎重物资，翻山越谷，连滚带爬地四散奔逃。政府军轻而易举地占领了这一要点。山下正面的政府军却完全不了解迂回部队这回事，他们也无法想象这个他们攻击了十七天也未攻克的坚固阵地已经被己方攻陷，他们将山顶上的部队当做是萨军，向其猛烈射击。山上的部队吹起政府军特有的喇叭，想引起山下部队的注意，但是喇叭声完全被枪声笼盖，最后还是由濑户口少尉爬到堡垒上挥舞旗帜，才让山下部队明白了过来。——此时是上午十时，距离六时开始发动进攻，仅仅过了四个小时。
胜报传至政府军指挥所，全体幕僚都喜不自禁。《从征日记》中描写当时的场景：“（野津）少将等闻之，捧双手，以足顿地，不觉亦放大声呐喊。”
政府军右翼部队的前锋，紧追逃跑的萨军不放，于十一时冲入了植木车站。当地的萨军也一枪未放，丢弃了山炮三门、臼炮一门和步枪百余支而逃。政府军继续尾随溃军，向更南处的向坂前进。
当时，萨军派出熊本队赶往向坂支援，佐佐友房也在其中。这天早上他去木留的萨军本营，与樱田、山崎两参谋开会。此时，听见东南一里余（这里的里是日里，一日里相当于3.8公里）的方位上有炮声，在席者都担忧道：“田原坂的炮声一向是在东北方向的，现在听到的是在东南，莫非田原已被攻陷了吗？”没有过多久，就有传令兵传来了田原坂失利的消息。然后传来命令：“田原的防守被攻破，估计敌将乘破竹之势一直突破到熊本。现在在向坂只有萨军防守，请立刻派出援军。”闻此，樱田和山崎将在木留休息的各队都集中起来，派往向坂。而熊本队则派出了深野、佐佐等部，人吉队的神濑鹿三也带领部下百余人，与各队一起赶往向坂。当时派往向坂的部队，都是零零散散的小队甚至是半队，然而就是这样一支拼凑起来的部队，却成功粉碎了政府军的突击。当时在向坂的萨军指挥官贵岛清、中岛健彦将溃散下来的士兵重新组织起来，并亲自拔刀冲在最前，激励士气。在得到木留方面的援军支援下，成功击败了政府军。《征西战记稿》对此战有详细描述：
“贼之援兵自熊本来此者，既有千余人，皆其精锐。或曰贼将贵岛清，驱田原、二俣、横平山之败兵返斗，贼势再振。贼更以别队突入向坂与植木站中间，欲横截我军。于是在向坂之川崎上尉以其第三联队之一中队（第三大队第二中队），川田、上田两警部以其拔刀队反顾击之。在植木之第十联队之一中队（第三大队第三中队）与第一旅团之兵自本道进，夹击之。贼不支而走。须臾贼再以大众急击我两军，更放别队，欲在其中间突入（横平山之贼自我右翼之间道，田原本道之贼自山鹿地方出植木之背后）。我军逆击扼之。贼势猖獗，我军遂败，为其所横断。于是向坂之军被孤立，输送路被阻。诸队未进午餐，寻弹药亦将近。今井中佐、与津田、津野两少佐议曰：“今先乘弹药未尽，速破背后之敌，与植木之军汇合后，复进此地。”乃勒诸队递次退却（拔刀队正午还植木町，当东北山鹿口之贼，午后六时却之）。贼连连横击，其距离不过十五、六米。我军冒突直过，亦不遑虑遮蔽，死伤极多，仅得退植木。时午后五时。”
在向坂一战中，萨军在逆境中奋战，最终成功将政府军逐出向坂，阻止了其向纵深进一步发展。当日政府军总计战死了400人以上，是整个战争中死伤最重的一天，其中在向坂一带弃尸即达308具。萨军杀伤了政府军数百人，而本身只付出了死伤数十人的代价，因而萨军将此战称为“向坂大捷”。然而田原坂的失守，却基本决定了萨军的败局。这之后，虽然萨军为扭转局势，仍拼命与政府军作战，但失去了天险，人力、物力都处于劣势的萨军再也无法阻止政府军前进。所以说，向坂的战术胜利，根本不足以掩饰田原坂会战的战役失败。
这里值得奇怪的是，萨军坚守了十七天的田原坂，为何会在四个小时之内就轻易陷落了呢？对此，人们提出了多种解释。其中有人认为三月十九日，政府军的迂回部队在萨军后方登陆，导致了萨军整体局势的严重恶化，引发了田原坂的失守。然而与登陆部队作战的萨军主要是熊本方面的部队，并未抽调田原坂前线的部队，而且政府军在背后登陆，虽然对战局有着深远的影响，但是当时这个冲击尚未波及到田原坂前线，因而这个解释，并不十分合理。导致田原坂失守的主要原因还是在于萨军缺乏人力、物力。首先在人力方面，田原坂会战中双方死伤均十分惨重，然而相对于政府军的补充能力，萨军得到的补充极为有限，因而前线的部队越打越少。用来换防的也多是熊本县士族组成的诸队，在战斗力上比起以私学校为主干的萨军来说，是远远逊色的。在物力方面，萨军极端缺乏弹药，甚至到了征收民间铁锅、捡政府军打过来的子弹的地步。而萨军组织拔刀队，也并不全是武士道精神的发挥，更多的恐怕是受制于弹药，不得不采取白刃战。因而无论是在兵力上、还是火力上，萨军都远远逊色于当面的政府军，所以失败是难以避免的。更加直接的因素则是，在政府军主要进攻方向的二俣口，十七日以高锅队替换了一直防守此处的熊本队，而高锅队是在十五日才新到战场的，因此显得十分生疏。而政府军又恰巧将主攻方向放在这里，因此一击得手。而政府军方面获胜的原因，除了人力物力处于绝对优势之外，为二十日总攻击做出的大胆计划更是短时间之内突破萨军防线的重要因素。该计划大胆的将部队部署到萨军中央阵地前沿，完全出乎萨军的意料，加之集中了优势兵力，行动坚决，因而一击得手。不过，这个计划也有着非常冒险的一方面。将突击部队部署在溪谷当中，一旦被萨军发现，则将会面临当面以及侧面田原坂山上萨军的夹击，尤其是田原坂方向的萨军可以居高临下，打击谷地中政府军的侧面。如果是这样，密集部署在谷地中的政府军纵队，恐怕将遭受严重伤亡。然而萨军既没有派出哨兵警戒，也没有布置任何示警装置（比如绊发的装有石块的铁盒），因此未能及早发现政府军的动向。否则，政府军虽然倚仗绝对优势，肯定可以获胜，但恐怕还要再付出更大的代价和更多的时间。
在三月三日至十七日的田原坂会战中，政府军先后投入了一万一千人，其中战死1766人，伤2399人，合计4165人；而萨军投入了九千人，战死1200人，伤2100人，合计3300人。双方的损失都接近了各自投入兵力的四成，这个战损比是非常可怕的。而消耗的物资也十分惊人，政府军平均每天要消耗322500发子弹，炮弹1000发以上；而萨军每日消耗的弹药也有数万发。可以说无论对哪一方而言，田原坂都是一座铁与血的炼狱。
四、败亡——从山鹿到城山
山鹿方面的交战
二月二十二日的植木之战后，萨军北进，占据了山鹿一带。在山鹿方面的部队是有桐野利秋指挥的，兵力在最多时达到二千六百人。萨军在北起日轮山南至锅田一带布阵。之后，这部分萨军曾配合针对高濑的攻势，对高濑侧后进行过穿插，但被政府军所阻止。在田原坂会战的几乎同时，山鹿方面的萨军也开始与当面的政府军交战。三月三日，桐野利秋决定进攻南关，午前八时，山鹿的萨军从山鹿进发。前卫平野小队驱逐了车坂一带的政府军，一直追击到岩村附近。另外，萨军还派出一支部队，从小路经平山，前进到板楠附近。在当日的作战中，协同队长平川惟一战死。此时萨军距离南关已经不远，如果可以占领南关，那么就切断了小仓、福冈与高濑、田原坂一带的联系，在田原坂作战的政府军的后路将被掐断，势必对战局带来极大影响。然而四日拂晓，正当萨军向南关推进之时，却传来了田原坂方面战败的消息。桐野害怕未截断政府军的后路，自己的后路先被截断，因而下令全军撤回山鹿。后来证明刚才的消息是误报，桐野懊恼无比，萨军就这样失去了一次极好的机会。
这之后，三浦梧楼少将率领的第三旅团赶到了前线，与山鹿的萨军对峙。第三旅团主要是由名古屋镇台和大阪镇台的部队组成的，战斗力低下，用《西南记传》的话来说，“欠缺作为军人的勇气德操，或闻枪声、见剑光即逃走，或抄掠人民的物品，或在对战中抛弃枪器弹药而去”，这让三浦少将十分头疼。因此，直至十日三浦少将亲率三个大队达到岩村，政府军的兵力达到了四千人，才准备开始进攻。十二日凌晨四时，双方在锅田爆发了激战，战斗持续了一天，胜败未分，萨军方面的勇将村田三介战死。——村田在之前的植木之战中大为活跃，缴获了乃木联队的队旗。
十五日早五时开始，锅田、平山一带的战斗又一次爆发，双方一直打到下午二时，萨军的战线仍然不可撼动。三浦少将向山县有朋请援，要求他派一个大队的近卫兵增援。然而田原坂激战正酣，十五日正是双方在横平山激烈争夺的日子，山县自然没有什么兵力可以派给三浦。他对第三旅团的战斗力也早有耳闻，对其根本不抱什么希望，只求它能保护好全军的侧翼即可。因此他向三浦少将下令，第三旅团转入防御，修筑双重胸墙，防备萨军的拔刀攻击。直至二十日，政府军在田原坂会战中获胜，山鹿一线的萨军已经孤立，这时山县才下令进攻山鹿一带。三浦少将决定在次日进攻，当日晚七时，他自率一部从岩村出发，向菰田迂回，架设桥梁，准备进攻。正式的进攻从二十一日早十时开始，而当时萨军除了失守田原坂之外，还获知政府军别动旅团在背后的八代方面登陆，因此抽调各路部队去增援后方，山鹿的守军也被削弱。不得已，二十二日萨军向田岛退却，政府军将南关—山鹿—植木连成了一线，排除了侧翼的威胁。
政府军的右钩拳
就在田原坂会战进行之中，陆军大佐高岛鞆之助提出这样的计划：派出一支部队在萨军背后的八代登陆，以隔绝萨军与鹿儿岛之间的联系。这一计划立即引起了政府军总部的高度兴趣，山县有朋对之大加赞赏，说他“深得军机之要诀”，于三月十四日批准了该计划。以高岛大佐为司令官，给他一个半大队的兵力和警察七百人，组建了别动第一旅团，在海军的支援下，在日奈久一带登陆。另外以参军黑田清隆为指挥，同样给他一个半大队和警察五百人，在宇土郡郡之浦登陆，向八代进击。然后这两支部队一起夹击萨军。
十八日，高岛大佐乘军舰春日丸从长崎出发，途中与凤翔、孟春二舰汇合，十九日在日奈久登陆。萨军也在八代、日奈久一带防备政府军登陆，然而由于兵力不足，所以只布置了三个小队的兵力，因此政府军毫无损失就顺利登陆。当时萨军在日奈久西面布防，政府军分成两队夹击，萨军败走，逃向八代，随后政府军又占领了八代。当日这个消息就传入萨军本营，对萨军的高层形成很大冲击。得知政府军登陆，萨军以第五大队长永山弥一郎为指挥，并得到两们火炮的加强，向八代增援。二十日、二十一日，双方在宫原、镜一带交战。二十二日，黑田清隆率领的一部也到达了八代。之后，又有一批政府军于二十五日前后到达，在此进行了整编，新编了别动第二旅团、别动第三旅团，并将川路少将带来的警察部队编为别动第四旅团。此时政府军迂回部队已经达到了镇台兵二千、警察一千三百五十的规模。二十六日，经整编的政府军向小川发动进攻，总指挥为黑田清隆。隶属第三旅团的东京镇台精兵九百名组成的狙击队十分活跃，此外从军舰上搬下来的两们阿姆斯特朗炮也发挥了很大作用。而当面的萨军仅有第五大队的一千五百人，远远处于劣势。因此他们向在鹿儿岛招募兵员的萨军求援。二十八日，在松桥一带，双方激战。
而在鹿儿岛新征募来的部队，于二十九日到达八代以南的人吉。三十日，八代的政府军得知此事。四月一日，人吉的萨军出动，从人吉经球磨川，在神濑过夜。三日，分为两路，一路从川沿，一路从山路，最终到达坂本，而坂本在八代以南约八公里。为何此路萨军进展如此之慢，实在不可知。在三月三十一日，小川和松桥已经失守，永山率领部队撤往川尻，南北萨军被隔断。四月一日，宇土、坚志田方面的政府军也击败萨军，占领了宇土。山田少将登上宇土东北的木原山，已经可以望见在北方的熊本城，政府军炮兵发炮，告知守军援军已至，重围将解。四日，黑田清隆将指挥所搬到宇土。此时政府军的迂回部队已经达到六千，而在熊本城内有四千人，熊本城北的政府军主力有一万七、八千，相对萨军已经占据了绝对优势。四月八日，熊本城内的政府军组织了突围队，突围队的兵力为一个大队，携带了一百五十发弹药和两顿的干粮，决心拼死突击，不顾四周的萨军，只求突破当面，与迂回部队取得联系。他们于凌晨四时出发，恰巧发现了萨军包围圈的缝隙，终于突围出来，与迂回部队取得了联系。四月四日，萨军募集来的新兵计一千五百人，前进到神濑。就这样，战场上出现了有趣的态势：田原坂的政府军主力和宇土的迂回部队对熊本一带的萨军主力形成了前后夹击的局面，而萨军主力又和新募队对政府军迂回部队形成了前后夹击。四月五日开始，萨军的新募队与迂回部队的后卫在八代方面展开了战斗，十九日萨军遭到决定性的失败，终于未能打通与本队之间的联系。其中在六日，协同队的首领宫崎八郎战死，十二日永山弥一郎因为在御船之战中失败而自杀，对萨军来说，这无疑是雪上加霜。
在政府军两面夹击之下，萨军的士气日益低落。十四日，别动第二旅团在右翼获得进展，山川中佐率领的第一大队于该日早晨攻占了熊本以南的要点川尻。而其中从熊本突围成功的政府军，附属于别动第一旅团，成为迂回部队的向导，引导其向熊本城进击，发挥了相当的作用。在田原坂失利之后，萨军主力在植木以东、隈府一线拼命阻击，最终政府军的步步进逼下，于四月十日向竹迫败退。之后政府军迂回部队节节胜利，十四日攻克了川尻，木留、植木以东一线的萨军被迫于十五日放火焚毁工事，全线向熊本以东的大津、健军、保田漥、长岭一带撤退，本营则撤到了木山。当日黑田清隆进入熊本，被围五十四日的熊本终于解围。政府军的背后迂回一举改变了正面平推、进展缓慢的沉闷局势，取得了相当的成功，可谓是一记精彩的右钩拳。
退往人吉
在熊本解围之后，政府军的攻势愈加猛烈，四月二十一日，攻克木山。萨军向矢部退去，当日召开会议，决定当下的方针为以人吉为根据，巩固鹿儿岛、宫崎一带，重新恢复士气，整顿队伍，然后徐图再起。经过连续战斗，萨军原先的编制内缺编严重，各部队混杂不堪。因此，在矢部萨军还进行了重编，重新编制了九个大队：
奇兵队 大队长野村忍介
振武队 大队长中岛健彦
正义队 大队长河野主一郎（后转任破竹队）、高城七之丞（接任）
行进队 大队长相良五左卫门
干城队 大队长阿多壮五郎
电击队 大队长边见十郎太
常山队 大队长平野正助
鹏翼队 大队长渊边群平、新纳清一郎（接任）
破竹队 大队长别府晋介（后转入本营）、河野主一郎（转任）
本营幕僚：桐野利秋、村田新八、池上四郎、别府晋介
各队的兵力并不一定，奇兵队、振武队拥有二十多个中队，而正义队只有七个中队。每个中队的人数从一百四、五十人到二百人不等。
二十三日，萨军向矢部退却。沿途道路崎岖，碰巧又遭遇大雨，政府军又在背后紧追不舍，不断挤压萨军，因而萨军撤退得十分狼狈。《战袍日记》中记载：“四月二十五日晓，风雨益烈。午前八时，各队从马见原出发，行里许，经芋之奥、旧屋敷诸村，登胡麻山。山又山，道路峻绝，爬山恰如攀壁，一步比一步高，如所谓后人顶着前人攀登。路宽不过尺余，树根、尖石裸露在外。跋涉羊肠小道，有如迈步马鬃之上。若俯瞰，悬崖深有数十寻（寻，日本长度单位，相当于六尺），老树森郁，唯遥闻飞瀑之声，人人心悸骨栗。一步不慎，忽就成为绝谷之鬼。搬运弹药的牛马已不知摔死几头。其危险可知。加之雨益密，风益烈，满山蒙蒙，咫尺莫辨。”而且从矢部到人吉，全都是山道，人烟稀少，途中无法生火做饭，因而只得每人发几个饼充饥。
萨军到达人吉之后，命令常山队守备神濑方面，鹏翼队守备佐敷一带，电击队防守大口一带，并且下达了严厉的军纪：抛弃武器逃走者，在战场上未尽士兵职责者，在行军和战场上对人民奸淫掳掠者，一律切腹。极端严厉的军纪，说明萨军在战局日益不利之下，纪律也开始崩坏。为了弥补兵力和物资的不足，萨军开始强行征兵和“征用”物资，而他们给当地民众的却是自己印刷的毫无信用的“西乡札”（萨军印制的纸币）。
人吉失守
萨军决心倚仗人吉的天险，在此“支持两年”，以期形势变化。山县有朋也察觉到“人吉乃险隘要冲，且不乏粮食，若萨军据此险，以养力蓄锐，以至再张声势，恐对我不利”，他决心乘胜追击，其部署如下：别动第二旅团及别动第四旅团直接攻击人吉的萨军本队；别动第三旅团自出水海岸一线直接收复鹿儿岛；第三旅团则穿过别动第三旅团的进军路线，进攻大口。其中对人吉的进攻，是利用本方在兵力上的绝对优势，从五个庄、五木越、种山、万江越、照狱、球磨川、佐敷，七路并进。当时萨军虽号称仍有八千，但是由于要分兵至宫崎、鹿儿岛、熊本的各个要点上，所以在人吉的部队不过二千，各以百余人、数百人的小集团分散守备，而当面的政府军则有10000人以上。
政府军的各路从五月十七日至二十五日继续发动进攻。二十二日，在球磨川中流的神濑以西驻守的萨军百余名投降。之后，萨摩蒲生乡的士族79人，加上军夫共计104人，在队长赤冢源太郎的率领下，集体投降，而且被编入政府军。赤冢写了一份归顺告论书，去说服其他萨军投降，在其说服之下，又有人吉队自队长犬童治成、军监泷川俊藏以下280人，萨军中队长沟尾堪兵卫、小队长永友金之助、军监有留情扬以下200人投降。——陆续出现集体投降，说明萨军的组织已经接近崩溃，越来越多的人对前途不报希望，开始自寻生路。
三十日拂晓，山地中佐率领的政府军先头从照狱突入了人吉。《西南记传》中记载当时的战况：“官军乘势自横面冲击干城队之阵地，并从正面迫近振武队。枪炮连射，其势甚锐。振武十六番队先退，诸队亦次第悉数退却。官军进击，将至丘下，诸队返战多时，官军至暮撤兵。三十一日，干城队在原田，六月一日早，官军大举进击，本道及左翼之萨军悉败，失守。干城队亦将陷重围，一面拼命突破，欲抵达本道再进行防守，然不利而退向人吉城下。”而在五月二十九日，政府军未至，西乡隆盛就先逃出了人吉，退向宫崎。主帅已毫无战意，部下更是没有了斗志，号称要在人吉坚持两年的萨军仅仅三天就丢了这个的确可以一守的天险。此事也引发了党萨诸队对萨军的不满。本来萨军自视高人一等，对同盟者趾高气扬，颐指气使，就已经让党萨诸队很不满意；目下萨军一败涂地，惶惶如丧家之犬，党萨诸队也开始逐渐脱离萨军的战列。
克复鹿儿岛
在西南战争爆发后，萨军全军出动，鹿儿岛只是空城一座。政府派出敕使团，罢免了一直支持分裂势力的大山县令，起用岩村通俊接任。岩村县令于五月二日到达鹿儿岛，随即发出告示，要求县民不得支持萨军，各安其业。由于担心岩村县令的安危和防止鹿儿岛不稳，参军海军中将川村纯义指示陆军少将高岛鞆之助（由于他建议并成功指挥八代方面的迂回作战，因而已经被提升为少将）率领别动第一旅团和军舰春日丸进入鹿儿岛。高岛旅团先于四月二十七日到达鹿儿岛，五月二日，与岩村县令一道，陆军少将曾我祐准的第四旅团也进入了鹿儿岛。这时，在鹿儿岛的政府军共有7000人。
萨军闻之大惊，派出振武、行进两队赶往鹿儿岛。担任鹿儿岛方面总指挥的是别府晋介，兵力为振武队自大队长中岛健彦以下2300余人、行进队自大队长相良五左卫门以下1800人、奇兵队一部300人，总计4500人。政府军又派出川路利良少将的别动第三旅团前往增援，——川路是大警视，日本警察的最高长官，他的旅团也是以警察为主的。川路旅团在第二旅团的支援下，于六月二十日攻陷大口，大口方面的电击队向日向（今宫崎县）退却。二十五日突破催马乐、上原、一本松的萨军防线，到达城山。当日晚七时，突入鹿儿岛，与当地政府军汇合。而鹿儿岛方面的萨军苦战不利，终于向都城退却。鹿儿岛被政府军完全控制，萨军丧失了根据地，无论是兵员还是弹药的来源都断绝了。
攻陷都城
这时萨军退却到了大隅、日向境内。政府军判断萨军将本营安置到了日向的都城，因此决定下一步要攻击都城。七月二十一日，为了便于指挥，征讨总督炽仁亲王从熊本坐船到了鹿儿岛，将征讨本营搬了过来。
然而萨军并没有将本营设在都城，而是摆在了宫崎。桐野利秋在占据宫崎后，将县宫崎支厅改称军务所，在这里募集兵员，发行所谓“西乡札”，设立弹药制造所制造枪械弹药，以弥补鹿儿岛失陷后日益困窘的后勤。
政府军方面，山县有朋、川村纯义、三浦少将等召开会议，确定了进击都城的方案：第三旅团从田口、猪子越向庄内进发，第四旅团自福山向通山进发，别动第一旅团从市成向岩川、末吉进发，别动第三旅团从正部谷向财部进发，然后四路协同，一起进攻都城。
七月二十四日，第三旅团从早四时开始行动，到早六时，占领了破竹队所守的庄内。破竹队寡不敌众，在放火之后撤退。第四旅团与别动第一旅团联络，也于四时开始进攻通山，在此处把守的萨军是中岛健彦的振武队，政府军猛攻了两个半小时才渐渐压制了萨军，占领了此地。进而追击的政府军，于十一时进入了都城。而别动第一旅团则攻击边见十郎太的电击队、相良五左卫门的行进队一起守备的末吉方向，攻占了萨军堡垒二十座，于七时攻占末吉，正午时分突入了都城。而别动第三旅团于凌晨三时从粟谷出发，七时攻占财部，于十时在四路政府军中最早攻入都城。此日的战斗十分激烈，尽管萨军抵抗得依旧顽强，但是由于兵力单薄，所以处处败北，甚至没有余力照顾伤员，只能弃其而逃。其中熊本队陷入包围中，被困在山谷中，政府军从四周山中猛烈射击，熊本队死伤惨重，最终侥幸突出重围，残部逃往三吴。这一日，又有数百萨军向政府军投降。都城失守，是萨军在人吉败北后又一次重大失败，不惟损失了大量兵员，更困难的是萨军的回旋余地已经越来越小，只能沿着日向一带，向北一退再退。
宫崎、延冈的战斗
从开战以来，西乡虽然名为萨军主帅，但实际的最高指挥官却是桐野，具体的作战计划都是由他和其他干部议定之后，西乡作为橡皮图章予以首肯的。然而不管怎么说，西乡还一直在本营中巍然作为主帅存在着，然而在从熊本全线撤退以来，西乡甚至不参加作战会议，整日以打猎打发时间，具体事务全部交给桐野负责。每当政府军将要攻击某处，西乡必然会在进攻前二、三日转移到别处。而到了宫崎之后，桐野竟然也开始不理军务，将责任推到第一线的各队长身上，自己整日狎妓取乐。——大概他们已自知来日无多，所以索性自暴自弃，今朝有酒今朝醉了。
将领如此，萨军自然也无甚战斗力了。七月二十七日，别动第三旅团的两个大队进入飫肥，在此处的飫肥队等一千六百人投降。然后第三旅团、别动第三旅团，在第四旅团的支援下，渡过仓冈川，于七月三十一日，又攻占了宫崎，并且进一步追击向佐土原逃窜的萨军，在同日晚七时，占领了佐土原。萨军退往更北的高锅。此时，政府军解散了别动第三旅团，重组为新撰旅团，其兵力为4260人，其后又增加了仙台镇台的750人。到了八月二日，政府军又攻占了高锅。当时在高锅的，有桐野、边见十郎太、中岛健彦、贵岛清、河野主一郎所部，以及池边吉十郎的熊本队、有马源内的协同队、坂田诸洁的高锅队，这些虽然号称是萨军的精锐，其实已经是残破不堪，徒有其表了。萨军在高锅川上游筑堡防守，但在政府军的攻击下，终不能支，向美美津败退。在当天的战斗中，熊本队的队长池边吉十郎在乱战中失踪，生死不明。佐佐友房等人返回去找，却再也没有发现他的踪迹。为此，熊本队推选山崎定平为新的大队长。连日激战，熊本队的实力已远不复当日，在二日的战斗中，又死亡失踪了队长池边吉十郎以下二十余人，因此进行了缩编，规模由人吉时的五个中队减为两个中队。
此时的萨军已经是兵败如山倒，且不要说进行反击，就是抵抗也是越来越无力。五日，在美美津集结的萨军又被击败，继续北逃，于九日到达延冈。政府军步步紧逼，于十四日展开对延冈的攻击。投入兵力为五个旅团，一路自海岸，一路自山道，一起发动冲击。凑巧第一旅团也从另外一个方向突破外围萨军的防守，加入到总攻击中来，攻击萨军的右翼。由于延冈临海，海军的日进、清辉、凤翔、孟春、丁卯等舰也抵近岸边，对萨军的阵地猛烈开火。萨军抵挡不住，向长井村、熊田一带退却。当日，萨军有180人投降，60人被俘，遗弃炮两门，其他尚有不少枪支、刀剑、弹药。
孤军奋斗破围还
延冈失守之后，萨军退到了长井村附近的可爱岳上。可爱岳的主峰高727米，山棱向东逐次降低，一直延伸至海岸线附近。当时，萨军由于不断有部队大批投降，其兵力已经下降到3500人左右，而包围可爱岳的政府军兵力则达到了两万。萨军打算发动绝死反击，夺回延冈，打通返回鹿儿岛的道路。然而面对两万政府军，任谁都知道，这个计划不可能实现。此时，一直将军务委任给别人的西乡亲自出马指挥。按照他的筹划，萨军的部署如下：以奇兵队监军伊东直二率领的两个中队守备无鹿方面；边见十郎太、野村忍介、重久雄七等人率领五个中队在长尾山、小梓越、堂坂一带布防，其中在堂坂部署了火炮三门；熊本队的一部防守本道左侧的丘陵；中岛健彦、河野主一郎、平野正助、相良五左卫门、新纳清一郎、阿多壮五郎分别统领其他八个中队守备其他要点。
十五日早七时，西乡登上和田越指挥战斗，八时浓雾渐渐散去，以一声炮响为信号，萨军挑起了战斗，长尾山、小梓越、堂坂、无鹿、长井山一带，战斗全面打响。桐野甚至亲自率领一队冲下堂坂，突入了政府军的炮兵阵地。当时，山县有朋与山田显义少将在樫山观战，山田少将下令“向小梓越和长尾山中间突击，截断敌人的战线”，政府军立刻发动的冲锋，炮兵也努力支援，到中午十二时，终于占领了堂坂、长尾山一带。萨军的攻势被挫败，西乡和桐野等无奈地离开了和田越。
经过此战，萨军被压缩在方圆不过一里的范围内，摆在他们面前的，要么是投降，要么是在此抵抗到底，要么就是突围。经过一番考虑，西乡决定突围回鹿儿岛。十七日下午四时，他们将突破的方向定在了西南面的三田井一带，并向各队下达了这样的命令：“我军穷迫至此，今日之策唯奋一死以决战。值此之际，各队愿降者降，愿死者死。士为卒，卒为士，任其所欲。”为了突围，桐野利秋从残部中选出100人，侦察适合的突破口；西乡则焚烧了文件和自己的陆军大将服。
此时的萨军弥漫着土崩瓦解的凄凉气氛，龙口队长中津大四郎穿着盛装，去会见桐野，告知他决心切腹自杀，来此做最后的诀别。桐野大惊，劝阻中津，但不听。于是中津在山中切腹，担任介错的是同队的半队长野口胜三。同样切腹自杀的，还有担任本营侦察的松野直镇。开战以来，一直紧密跟从萨军的熊本队在当日夜开会商讨出路，最后决定向政府军投降。就这样，树倒猢狲散，各队中毕竟是愿死者少，愿降者多，最后跟随西乡突围的仅有五百多人，其余部队陆续向政府军投降。
夜十二时，突围萨军开始行动，他们以当地的两名猎人和十名伐木人为向导，以边见十郎太、河野主一郎担任前卫，桐野、村田新八在当中护卫着西乡，中岛健彦、贵岛清担任后卫，避开大道，在草木丛中开辟道路。全体人员都一声不吭，谨防被政府军发现。大约走了数公里，他们登上了可爱岳的峰顶。在此处附近，正好是第一、第二旅团的宿营地，幸好政府军也认为大局将定，放松了警惕，没有布置哨兵。萨军打算乘着拂晓发动突击，指挥官是担任前卫的边见十郎太。拂晓，边见率领部下以拔刀突击的战法，杀入政府军营地内，一举突破，还夺得了弹药三万发、大炮一门，然后西乡等迅速从此突围到了祝子川。这时，别动第二旅团的一个大队前出警备，在前往长尾山的途中，听到可爱岳方向的枪声（就是西乡等突围时的枪声）。指挥官黑川大佐，向可爱岳派出侦察兵，随后碰到第二旅团前来求援的使者，黑川立刻派出了一个中队。在长尾山的山田少将听到枪声，也派出了两个中队。此时，他们才发觉西乡等人溜掉了，少将后悔不已。
一百里程壁垒间
十八日午后，西乡等从可爱岳北面下山，从大台场山向北，沿着山道向北走了五里，进入地狱谷，当日晚在地狱谷宿营。而政府军方面为西乡等突围一事，老羞成怒，甚至有人开始担心西乡等会流亡国外，然后引外国兵卷土重来，所以不仅在日向、丰后、肥后、大隅一带严密搜索，还特地派了第四旅团的一个大队去长崎，海军在长崎和日向海面巡逻，防止其出逃。十九日，萨军从地狱谷出发，向祝子川大鹿仓前进，在途中捕获了政府军的密使。其身上有在延冈的野津少将写给上祝子方面政府军的信，少将要求他们派出援军。就这样，上祝子方面的川崎少佐队对西乡逃脱的事情毫无所知，早九时，双方在上祝子以南遭遇，政府军被击败。然后萨军决定取道三田井。三田井正好是第一旅团运输所的所在地。萨军经过鹿川垰，二十一日袭击了三田井，这里的政府军根本不知道可爱岳方面发生了什么事情，三五成群的在路边谈笑吃喝，没有想到萨军80多人挥刀杀来，政府军乱作一团，作鸟兽散。萨军打通了道路，还在三田井的运输所中抄掠了很多物资，其中有现金七千八百元，米二千五百苞。为了迷惑追兵，萨军还特意向马见原送去了大米二十苞，池上四郎对当地村民说：“我军要去丰后竹田，速速准备伙食。”
二十二日，西乡等到达坂本，二十三日又与一队政府军遭遇，将其击退，夜里在松平宿营。遭到攻击的是别动第二旅团的一部，他们暂时退往座头岭，向宇纳间的另一支政府军请求增援，计划第二天一起攻击萨军。结果等第二天他们攻入的时候，萨军早已离开了宿营地。二十四日，萨军在途中又遭遇了一支政府军辎重队。政府军征发来的民夫一见萨军就一哄而散。有部分民夫跑到了神门。此处有别动第二旅团松浦少佐的一支部队，边见率领拔刀队冲入，但是遭到了政府军的顽强抵抗，战斗持续到下午四时，此时突然下起了大雨，战斗中止。夜间萨军绕过政府军的防线，继续南行。二十五日，萨军来到银镜，在此处也有一个中队的政府军，然而一听说萨军来了，立刻溃散，萨军追杀一阵，击毙了八、九人。在此休息了一阵，萨军与凌晨一时乘夜前进，二十六日早晨来到棚仓垰，此处有数名政府军哨兵，见到萨军也是一哄而散，当夜在米良休息。二十七日，萨军来到球磨川。此后，二十八日到达小林，二十九日到达吉松，三十日早五时，萨军在横川与政府军交战，战斗一直持续到三十一日凌晨二时，萨军终于突破战线。此战，政府军死伤42人，萨军死伤20多人。三十一日，萨军进入到加治木附近的山田村，袭击了当地警察，杀死4人，捕获1人。之后又继续前进，在蒲生与新撰旅团的守备队交战，杀死政府军20多人，俘虏9人。九月一日十一时，萨军终于突入了鹿儿岛，袭击了新撰旅团的辎重队。经过十四天的跋涉，行程约400公里（相当于一百日里），突破了层层阻击，萨军重新占据了私学校本校所在地——城山。然而此时的萨军已经与半年多前踌躇满志的情形大相径庭，他们将在这里迎来最后一战。
西南战争结束后，长崎僧人西道仙曾有一首诗，真切地写出了萨军自延冈突围至最后败亡的情形，在这里抄录如下：孤军奋斗破围还，一百里程壁垒间。我剑已折我马毙，秋风埋骨故乡山。
秋风埋骨故乡山
“胸中壮志已堕，眼底山河长存，壮士临此，能无洒一掬之泪乎？”——对于困守城山的萨军残部，《西南战史》如是感叹道。随西乡突围的五、六百人，经过沿途的战斗，在达到城山时，仅剩下372人，其中拥有战斗力的只有250人左右，枪不过150支，另有四磅炮4门，臼炮2门。其部署为：
岩崎谷方面 河野主一郎以下32人
私学校到角矢仓方面 佐藤三二以下26人
县厅到照国神社方面 山野田一辅以下33人
大手到本田屋敷方面 高城七之丞以下30人
上之平、广谷到三间松方面 河野四郎左卫门以下16人
新照院到夏阴下方面 中岛健彦以下19人
夏阴方面 岩切喜次郎以下47人
后回方面 园田武一以下17人
后回到城山方面 市来矢之助以下29人
城山方面 藤井直次郎以下16人
狙击队 蒲生彦四郎以下26人
以上合计292人，再加上本营的西乡、桐野、村田、别府等人和军夫等80人。
萨军返回鹿儿岛后，对于前途展开讨论。桐野利秋、池上四郎提出，重新夺取鹿儿岛地区，这样九州各地的士族就会重新起来响应。还有人提出从海上突围，流亡到国外。然而这无异于天方夜谭。
九月四日，萨军发动了最后一次攻击，目标是县厅附近的米仓。这个米仓是自从旧藩时代就有的，当时里面储存了八百余石大米和大量炭火，这对萨军来说很重要。凌晨三点，在贵岛清的指挥下，百余萨军乘夜出击。一队由贵岛清亲自指挥，另一队由监军北乡万兵卫指挥，发动了拔刀攻击。当面的政府军为新撰旅团和上岸水兵，双方展开激战，贵岛清被数人围攻而死，监军北乡以下十三人也战死，剩余萨军也大多负伤，退回了本方防线。
此期间，政府军对西乡等人竟然突围返回鹿儿岛一事，极为恼火，根据山县的命令，各旅团将城山周围里三层、外三层的围得水泄不通，最后包围城山的政府军总兵力为八个旅团约五万人。政府军为了防止萨军突围或者偷袭，在阵地前挖掘壕沟、陷阱，同时派出哨戒，一有动静，就立刻开火。
九月十二日，政府军完成了包围圈。然后多次要求西乡等投降，被西乡等人拒绝。二十三日，见西乡等仍无回应，遂定于二十四日开始总攻。凌晨四时，以号炮三声为信号，政府军从三面攻击，唯独岩崎口方面按兵不动。——山县的计划是，西乡等于必将从岩崎口撤退，而此处的部队是第四旅团，大部由东北地方的士族组成。这些人对萨摩人恨之入骨，西乡落入他们的手中，决计没有好下场。在政府军的绝对优势下，萨军的抵抗立刻被吞没。如山县所料，西乡等人向岩崎谷退却，越往前进，政府军的子弹越来越密。西乡突然被流弹击中腹部和大腿，他坐倒在地，对别府晋介说：“晋殿、晋殿，就在此处吧！”别府对西乡说：“请恕我罪。”然后一刀砍下了西乡的首级。西乡的仆人吉左卫门将西乡的首级埋在某地，然后高呼：“先生已死。欲和先生同死者，皆来战死吧！”然后冲前奋战，在密集射击下战死。
桐野自知不免，但意气自若，毫无惊慌之色，手持步枪，向政府军狙击，每打出一发，就自言自语说“打中了”，或者“啊，没有打中”。直至被击中左额而死。萨军的其他干部村田、池上、边见等也在岩崎口一带，力战而死。上午九时，枪声渐渐稀停止，萨军残部被全歼，当日萨军战死者157人，被俘者200多人。历时七个月的西南战争终于结束。
尾声
西南战争后，为了彻底清算鹿儿岛为首的反政府士族，在九州设置了临时裁判所。被判刑的有原鹿儿岛县令大山纲良以下2764人，其中斩首22人（包括大山纲良），十年徒刑31人，七年徒刑11人，五年徒刑126人，三年徒刑380人，两年徒刑1183人，一年徒刑*人，拘禁百日130人，七十日拘禁2人，三十日拘禁2人，剥夺士族身份242，棒锁1人，交保赎罪20人。此外，宣布无罪449人，免罪40349人，宣判前死亡47人。
根据明治十七年民部省的调查结果：政府军方面，陆军战死5662人，海军战死25人，警察战死843人，熊本县官吏死24人，民众死298人，总计*3人，其中即死4653人，伤后死2190人。另外，共有9252人负伤。死伤合计16095人。萨军战死6239人，负伤人数具体不明，约在10000左右。陆军消耗枪弹34893500余发，炮弹73700余发。海军消耗炮弹7139发，子弹147824发。各类相关费用总计41567726日元。
有关西南战争的意义和影响，是作者无力阐述的。在此仅对西南战争在军事上的经验、教训和意义，进行一些粗浅的检讨。
首先，这场战争是国民军队的胜利，它检验了明治军事改革的成果，证明了建设“四民皆兵”的国民军队的正确性和意义。对此，日本著名历史学家坂本太郎评论道：“这次事变说明，就是以维新功臣西乡隆盛为首，具有素称精强的旧萨摩藩士为骨干的社会、军事势力，已不是他们所蔑视的百姓兵武装起来的政府军的对手，使全国所有的人都能彻底了解到士族兵已不再能有所作为了。”这个评论是非常精辟的。当然从具体层面来说，我们并不能以此推导出萨军战斗力低下、不如政府军的结论，反而从实际出发，应该看到萨军的基层由于接受过正规严格的近代西方式的军事训练，加之的确富有勇气，是相当善战的。所以与其说这是士族军队的失败，还不如说是士族的失败，通过这场战争，证明了士族作为旧的历史时代的产物，已经过时了。
其次，这场战争对日本的军事近代化也具有重大意义。这首先表现在，通过这场战争，其武装力量得到了有效锻炼（之前日军犯台，由于清政府的息事宁人的龟缩政策，所以日军并未与清朝政府军交战，仅仅是与当地少数民族部落进行了战斗，其强度和规模都不值一提）。政府军方面所进行的海上机动、迂回敌后等行动，体现出较高的战役指挥能力。而在单兵能力和小分队战术上，萨军则显得较高一筹，其勇猛善战，敢于以小股兵力实行果断的行动，诸如这些，都给政府军上了很好一课。因此，在经过此战的洗礼后，一旦日军将这两者结合一起，并加以侵略扩张的野心时，就构成了对东亚各国的严重威胁。其次，通过此战，日本军方认识到自旧幕府时代造成的兵器规格杂乱所带来的种种问题，因此开始着手统一装备，简化后勤，尤其重要的是，开始了兵器国产化的进程。例如，日本国产步枪之祖——著名的村田步枪，就是西南战争所催生的。
至于萨军的失败，除了最主要的人力、物力方面的绝对劣势之外，指挥的低劣也是一个重要原因。尤其是在开战之初，其指导方针的严重错误是非常致命的。萨军过于重视一城一地的得失，按部就班，在熊本城下浪费了大量的时间。若能按照西乡小兵卫的设想，抢在政府军援军到来之前，控制北九州的长崎、小仓、福冈等港口，那么就将严重限制政府军向九州投送兵力的能力。当时并没有登陆舰，失去了港口，要进行抢摊登陆，就只有再分乘小艇遂行。而小艇固然可以运输兵员，但是对重炮、大批物资的运输就无能为力了。在植木之战之后，萨军应该已经察觉了小仓第十四联队的来援，若此时能将重点由攻城变为打援，集中主力，吃掉十四联队，便可控制高濑、南关，甚至达成北上的企图。即使不成，仍可严重打击熊本守军的士气，并将战线北推至菊池川一带，这将给政府军援兵的南进带来更大麻烦。然而可惜的是，萨军对此反应迟钝，等在熊本城下受挫，重新确立了北进的政策时，又行动不够坚决，加之屡屡发生误传命令的低级错误，其失败实在也是理所应当。
尽管萨军拔刀队在此战中给予政府军很大杀伤和心理压力，但是应该看到这是萨军在缺乏弹药的情况下的无奈举动，而战争的确已经进化到依靠火力和钢铁的时代了，白刃战越来越成为战争中配角，所以并不能援引此特例作为建军的基本。然而，日军却对此进行了不切实际的夸张，将这点歪曲、放大至极点，在作战和训练中片面强调不畏敌人火力、近身作战，就成为所谓“肉弹攻击”的滥觞。所以在日俄战争中，面临俄军的坚固阵地，竟然仍有大批军官鼓励用白刃解决，造成了严重伤亡。而日俄战争后，日方也没有充分吸取教训，反而继续大肆鼓吹所谓“壮绝的肉弹攻击”，至二战期间，日军步兵训令仍然坚持“刺刀进攻乃是皇国陆军的精髓所在”，无怪乎在美、苏军队的钢铁和火力下碰得头破血流。
表面看来，西南战争不过是一场持续时间不长的日本内战，而且对当时的国际政治并没有产生直接影响，但是西南战争恰如暗流一般，影响了明治、大正和昭和时代，对此我们应予以充分的研究和重视。
待我全文发完了再精啊。
另，参加检地的话是否需要参考书目？
待我全文发完了再精啊。
另，参加检地的话是否需要参考书目？
自然是要di，贴吧……
我看过一本旧旧的小册子，叫《西南战争》的什么，清司公此作应该超过它了~~
想看到杂志上的那些配图，因为《战争史研究》第7辑在淘宝网等地方已经找不到卖的了……