明德三年（1392）闰十月南北朝合一以后的形势如下，应永六年（1399）身兼周防、长门、安艺、丰前、和泉、纪伊六国守护的大内义弘领兵在堺背叛幕府，为其攻灭，史称应永之乱；其后涩川满赖代替今川贞世担任镇西探题，此后其子义俊袭任其职，虽然缺乏统括诸将的力量，仍然在大内义弘、大内盛见、同持世等人的协助下与中国势一起为镇压九州镇压的宫方努力；而在伊予河野家内部发生争斗的时候，安艺的诸将奉幕命从宝德二年（1450）年开始出兵伊予；此外，围绕着严岛神领佐伯郡和东西条造果保的领有权问题，武田信贤和严岛神主家·大内氏，（嘉吉元/康正二/康正三）沼田小早川和严岛神主家·大内氏之间出现纠纷等，相继发生显示出室町幕府权威无法解决的众多事件，其中大多出现于安艺地区，但是能美岛·能美氏的动静在这里也无法知晓。严岛神主曾在应永之乱中加入大内方，考虑到它和能美氏有着前面提到的那种关系，也许能美氏也加入了大内方。又宽正二年(1461)大内氏向领国内的诉讼发出召文的时候，根据到达山口所需要的行程日数计算，安艺国东西条·日高岛、吴岛、蒲刈岛、能美岛在大内氏管辖之内（大内氏实录），即能美岛包含在大内氏的分国之中，因此能美氏很可能是大内氏的给人。
从南北朝到室町前期的安艺国的政治形势大致如上所述。应仁元年（1467）将全国卷入动乱的应仁之乱爆发之后，大内政弘响应山名持丰，于五月出征山口，分兵海陆两路上洛，在途中击破备前下津井的赤松氏被官的海贼，登陆兵库。当时担任海贼众先锋的有仓桥、吴、警固屋和能美氏（经觉私要抄）。自自此之后直到文明九年（1477）战乱结束，大内政弘一直留在上方，期间能美氏在能美若狭守的领导下留守故土，在东西阵营势力微妙转变的时候不受盅惑，始终为大内氏效命，在政弘的军队中充任在兵库津负责警备的水军，由于能美若狭守很好地执行了政弘下达的命令，政弘也能体谅他在兵库逗留的难处，于是发出了拜托今后在津相关事宜的书信（山野井文书），同时政弘向奔走于故土负责留守的陶弘护发出了请求继续支持的书信（山野井文书）。而在文明元年(1469)政弘故国发生了危机事件，即大内教幸在筑前举兵加入东军，按照东军的策略试图垫付大内政弘的据点的事件接连发生，与政弘一起出征的仁保弘有和西条众也离开阵营，事态极其严重。这个事件由于负责留守大内分国的陶弘护的努力，在丰前消灭教幸得以解决。
应仁之乱结束后三十余年的明应八年（1499）前将军义材由于幕府势的失利投靠周防的大内氏。大内义兴拥护义材在永正四年（1507）从周防出发，途中安艺的诸军陆续加入向东进发，翌年让义尹（义材）复归将军职，十余年停滞于京都直至在永正十五年（1518）尼子经久等人在大内分国发起骚乱的危机回国。这时能美氏依旧从属大内氏，即永正八年一旦被驱逐出京都流落丹波的义兴于八月在莲大寺·船冈山取得胜利成功归洛，能美肥前守和陶氏家臣江良藤右兵卫、深野石见守一起在千本的房屋放火时被敌军包围，战死（房显记）。此外，能美四郎在翌永正六年，从山口听到叛乱的传言急驰而来，因此留守山口的的人获得感状（山野井文书）。
永正十五年大内义兴返回周防解决故土的危机，出云的尼子经久为此加速对近国的攻略，义兴回国后安艺的局势变为大内·毛利联合起来对抗尼子·武田。大永二年(1522)正月陶兴房等奉义兴之命进兵安艺的佐东郡，转战各处直到八月回国。翌大永三年原先依附义兴的严岛神领佐西郡的友田兴藤获得武田氏的援助背叛大内氏，于是陶兴房等领兵攻击樱尾城。其后尼子经久攻略大内氏在东方的要冲西条镜山城，大永四年六月义兴偕同义隆出征艺州，降伏樱尾城的友田兴藤，接着进兵加茂（志芳庄）、佐东（府中城·久村）、佐西(草津)、安南(熊野、世能鸟子城)，在备后和尼子势发生大大小小的冲突，两者的激战持续了七年。在这些漫长的战斗中，能美缝殿允仲次参加了以下战斗，如：大永二年追随兴房的军队在三月二十七日对安艺府中的武田方白井氏负责海上警备，取得捕获仁保岛的敌船一艘的战功（山野井文书），翌年九月十七日的夜晚由于海上警备从廿日市·能美岛·江田岛方面出动，袭击并夺取敌船一艘（山野井文书），同十月三日武田方的水军在严岛袭击大内方的水军时奋战取得战功，主从二人身负箭伤（山野井文书），结果在大永五年获得能美岛中村内十六石的封赏（山野井文书）。其后大内氏天文元年以来展开九州经略以来，缝殿允仲次在天文三年五月十八日丰后国薄野浦·具乡的战斗中奋战负伤获得感状（山野井文书）。当时除了缝殿允仲次之外，还有一个叫能美弹正忠的人，他在大永二年佐东郡上八屋的战斗中右脚负箭伤得到义兴给予的感状（阀阅录七十），翌年十一月大内方的水军围攻当时武田方势力下的五日市时也随军出征，在五日市放火返回时与弘中武长的家臣和野间刑部等一起战死（房显记）。此外能美孙三郎在大永五年二月二十二日，义兴将严岛定为艺州攻略的本阵视察大野门山渡海时，孙三郎负责在海上警备，当义兴的座船发生火灾时，孙三郎取出箱里的旗帜将火扑灭，本应追究发生火灾的责任奉命切腹的孙三郎，反而受到义兴的赏识得到褒奖，在防州田布施得到五十贯的领地（房显记）。
从以上事件可以看出能美缝殿允、能美弹正忠、能美孙三郎全都是作为大内氏的水军活跃，他们的继任者也同样接受大内氏的支配。即如前所述，天文十五年（1546）二月义隆命令能美扫部助、能美新四郎、能美和泉守和能美三在能美岛伐木配合严岛大鸟居的建造工程（大愿寺文书），同年在伊予河野氏的战斗途中能美四郎秀依的郎从涩谷小次郎因为负伤获得感状（山野井文书），天文十九年能美弥三郎景赖继承父亲秀依的领地得到安堵（山野井文书）。天文二○年义隆被家臣陶晴贤消灭，不久义隆姐姐的孩子义长（大友晴英）被晴贤迎接到大内的故土，能美氏因此归顺（山野井文书）。
天文二十三年晴毛利元就拒绝陶氏的邀请，与吉见正赖联结反对陶氏，攻略佐伯郡一带，翌弘治元年闰十月在严岛消灭陶晴贤，接着在同三年进兵防长在长门胜山诛杀大内义长。这个时期能美岛的动向值得注意，例如代代从属大内氏的能美氏诸系统里面，至少有一家与府中的白井氏依然一起公开加入义长、晴贤的阵营。弘治二年即严岛合战的翌年，能美氏的领土还得到大内义长的安堵（山野井文书），能美氏之外的各家还收藏有当时的文件记录。暂时回到严岛合战前后海上形势的分析，元就在天文十年消灭武田氏，将其旗下的河之内的水军交给儿玉就方统率，与陶氏断交后，草津的羽仁开城前往山口。天文二三年六月儿玉就方负责压制广岛湾沿岸。接着毛利军听说陶氏的余党聚集在能美岛，派遣熊谷信直·香川光景以下的国众、国司元相以下的旗本将其驱逐，八月二十九日放火悉数消灭陶方残党，能美岛因此受到毛利氏的支配（阀阅录，十五，四十八，七十五，武家万代记）。由此可知毛利氏从此时开始掌握了严岛以东的制海权。